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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助：Gromacs准备蛋白质拓扑文件时报错
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逗逼1号

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：Gromacs准备蛋白质拓扑文件时报错

PDB ID : 5NDF
去除小分子配体、水以及其它分子以后，运行命令以生成拓扑文件：
gmx pdb2gmx -f 5ndf_noh_01.pdb -o 5ndf_processed.gro -water spc

发现错误如下：
Fatal error:
Atom LPD1 in residue MET 91 was not found in rtp entry MET with 9 atoms
while sorting atoms.

在PDB文件中，LPD1所在的行为：
ATOM  21993  N   MET F 313      36.785 -68.575 -69.582  1.00 50.14           N  
ATOM  21994  CA  MET F 313      36.633 -67.142 -69.711  1.00 52.22           C  
ATOM  21995  C   MET F 313      35.326 -66.715 -69.065  1.00 54.02           C  
ATOM  21996  O   MET F 313      34.302 -67.352 -69.295  1.00 50.17           O  
ATOM  21997  CB  MET F 313      36.576 -66.806 -71.197  1.00 50.96           C  
ATOM  21998  CG  MET F 313      36.618 -65.328 -71.516  1.00 47.31           C  
ATOM  21999  SD  MET F 313      36.851 -65.078 -73.278  1.00 47.41           S  
ATOM  22000  CE  MET F 313      37.117 -63.331 -73.407  1.00 54.20           C  
ATOM 22001 LPD1 MET F 313 37.390 -65.424 -73.504 1.00 0.00 LP
ATOM 22002 LPD2 MET F 313 36.299 -65.267 -73.626 1.00 0.00 LP

请问：LP是什么原子么？和MET有什么关系？是该直接删去么？新手上路，各位大神不吝赐教，谢谢！
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1楼 2018-02-18 23:03:19
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hclwonder

新虫 (正式写手)
没事看了下，下载的5NDF并没有LPD1这个原子（类型），是不是你处理时有点错误？

发自小木虫Android客户端
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2楼2018-02-19 09:23:34
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逗逼1号

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-02-19 09:23:34
没事看了下，下载的5NDF并没有LPD1这个原子（类型），是不是你处理时有点错误？

谢谢您！给我提了个醒。看了一下原版的pdb文件确实没有LP这种原子（类型），我这个是经过sybyl处理过的蛋白质，删去了水和其它小分子，可能就是处理过程中的问题。
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3楼2018-02-19 17:27:32
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田亚锋

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 逗逼1号 at 2018-02-19 17:27:32
谢谢您！给我提了个醒。看了一下原版的pdb文件确实没有LP这种原子（类型），我这个是经过sybyl处理过的蛋白质，删去了水和其它小分子，可能就是处理过程中的问题。...

楼主你好，我也是用sybyl处理了蛋白和配体结合后，在gromacs中不能生成拓扑文件，请问您是怎么解决的啊？
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4楼2018-02-27 17:04:28
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