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求助：Gromacs准备蛋白质拓扑文件时报错
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PDB ID : 5NDF 去除小分子配体、水以及其它分子以后，运行命令以生成拓扑文件： gmx pdb2gmx -f 5ndf_noh_01.pdb -o 5ndf_processed.gro -water spc 发现错误如下： Fatal error: Atom LPD1 in residue MET 91 was not found in rtp entry MET with 9 atoms while sorting atoms. 在PDB文件中，LPD1所在的行为： ATOM 21993 N MET F 313 36.785 -68.575 -69.582 1.00 50.14 N ATOM 21994 CA MET F 313 36.633 -67.142 -69.711 1.00 52.22 C ATOM 21995 C MET F 313 35.326 -66.715 -69.065 1.00 54.02 C ATOM 21996 O MET F 313 34.302 -67.352 -69.295 1.00 50.17 O ATOM 21997 CB MET F 313 36.576 -66.806 -71.197 1.00 50.96 C ATOM 21998 CG MET F 313 36.618 -65.328 -71.516 1.00 47.31 C ATOM 21999 SD MET F 313 36.851 -65.078 -73.278 1.00 47.41 S ATOM 22000 CE MET F 313 37.117 -63.331 -73.407 1.00 54.20 C ATOM 22001 LPD1 MET F 313 37.390 -65.424 -73.504 1.00 0.00 LP ATOM 22002 LPD2 MET F 313 36.299 -65.267 -73.626 1.00 0.00 LP 请问：LP是什么原子么？和MET有什么关系？是该直接删去么？新手上路，各位大神不吝赐教，谢谢！ |
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hclwonder
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- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2018-02-19 09:23:34
。看了一下原版的pdb文件确实没有LP这种原子（类型），我这个是经过sybyl处理过的蛋白质，删去了水和其它小分子，可能就是处理过程中的问题。 3楼2018-02-19 17:27:32
4楼2018-02-27 17:04:28
