应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助：Gromacs准备蛋白质拓扑文件时报错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
41/1返回列表
查看: 1626  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

逗逼1号

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：Gromacs准备蛋白质拓扑文件时报错

PDB ID : 5NDF
去除小分子配体、水以及其它分子以后，运行命令以生成拓扑文件：
gmx pdb2gmx -f 5ndf_noh_01.pdb -o 5ndf_processed.gro -water spc

发现错误如下：
Fatal error:
Atom LPD1 in residue MET 91 was not found in rtp entry MET with 9 atoms
while sorting atoms.

在PDB文件中，LPD1所在的行为：
ATOM  21993  N   MET F 313      36.785 -68.575 -69.582  1.00 50.14           N  
ATOM  21994  CA  MET F 313      36.633 -67.142 -69.711  1.00 52.22           C  
ATOM  21995  C   MET F 313      35.326 -66.715 -69.065  1.00 54.02           C  
ATOM  21996  O   MET F 313      34.302 -67.352 -69.295  1.00 50.17           O  
ATOM  21997  CB  MET F 313      36.576 -66.806 -71.197  1.00 50.96           C  
ATOM  21998  CG  MET F 313      36.618 -65.328 -71.516  1.00 47.31           C  
ATOM  21999  SD  MET F 313      36.851 -65.078 -73.278  1.00 47.41           S  
ATOM  22000  CE  MET F 313      37.117 -63.331 -73.407  1.00 54.20           C  
ATOM 22001 LPD1 MET F 313 37.390 -65.424 -73.504 1.00 0.00 LP
ATOM 22002 LPD2 MET F 313 36.299 -65.267 -73.626 1.00 0.00 LP

请问：LP是什么原子么？和MET有什么关系？是该直接删去么？新手上路，各位大神不吝赐教，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2018-02-18 23:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)
没事看了下，下载的5NDF并没有LPD1这个原子（类型），是不是你处理时有点错误？

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2018-02-19 09:23:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

逗逼1号

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-02-19 09:23:34
没事看了下，下载的5NDF并没有LPD1这个原子（类型），是不是你处理时有点错误？

谢谢您！给我提了个醒。看了一下原版的pdb文件确实没有LP这种原子（类型），我这个是经过sybyl处理过的蛋白质，删去了水和其它小分子，可能就是处理过程中的问题。
赞一下 回复此楼
3楼2018-02-19 17:27:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

田亚锋

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 逗逼1号 at 2018-02-19 17:27:32
谢谢您！给我提了个醒。看了一下原版的pdb文件确实没有LP这种原子（类型），我这个是经过sybyl处理过的蛋白质，删去了水和其它小分子，可能就是处理过程中的问题。...

楼主你好，我也是用sybyl处理了蛋白和配体结合后，在gromacs中不能生成拓扑文件，请问您是怎么解决的啊？
赞一下 回复此楼
4楼2018-02-27 17:04:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 逗逼1号 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 283分求调剂 +10 试试看呗 2026-04-04 10/500 2026-04-06 23:08 by chenzhimin
[考研] 085404 293求调剂 +4 勇远库爱314 2026-04-06 4/200 2026-04-06 22:32 by chenzhimin
[考研] 307求调剂 +3 所念及所望 2026-04-06 3/150 2026-04-06 17:30 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿安徽某211 0703化学总分339求调剂 +7 晚风不晚 2026-04-04 7/350 2026-04-06 14:06 by houyaoxu
[考研] 求调剂 +10 chenxrlkx 2026-04-05 10/500 2026-04-06 11:31 by 猪会飞
[考研] 292求调剂 +3 lilllllxccc 2026-04-05 4/200 2026-04-06 10:39 by 蓝云思雨
[考研] 377求调剂 +6 by.ovo 2026-04-05 6/300 2026-04-05 22:18 by dongzh2009
[考研] 308求调剂 +4 maverick^_^ 2026-04-03 4/200 2026-04-05 19:08 by 蓝云思雨
[考研] 085500机械专硕初试288求调剂 +3 GZJguo666- 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:06 by jkddd
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +8 相信必会光芒万� 2026-04-05 10/500 2026-04-05 12:19 by Hdyxbekcb
[考研] 081700学硕，323分，一志愿中国海洋大学求调剂学校 +16 披星河 2026-04-04 16/800 2026-04-05 11:27 by 猪会飞
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:24 by 544594351
[考研] 求生物学学硕调剂——364分 +7 云朵遛弯指南 2026-04-04 7/350 2026-04-04 22:49 by zhyzzh
[考研] 能动调剂326专硕 +4 wan112233 2026-04-04 4/200 2026-04-04 22:47 by yu221
[考研] 调剂 +11 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 11/550 2026-04-04 22:21 by hemengdong
[考研] 求调剂 +3 ffyyu 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:03 by 蓝云思雨
[考研] 319求调剂 +18 太容易1018 2026-04-01 18/900 2026-04-03 11:18 by linyelide
[考研] 复试调剂 +3 bvzz 2026-04-01 3/150 2026-04-03 09:47 by 蓝云思雨
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +6 相信必会光芒万� 2026-03-31 7/350 2026-04-02 23:16 by JourneyLucky
[考研] 346求调剂 +5 郑诚乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 16:38 by SZW_UJN
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭