| 查看: 1862 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
求助：Gromacs准备蛋白质拓扑文件时报错
|
||
|
PDB ID : 5NDF 去除小分子配体、水以及其它分子以后，运行命令以生成拓扑文件： gmx pdb2gmx -f 5ndf_noh_01.pdb -o 5ndf_processed.gro -water spc 发现错误如下： Fatal error: Atom LPD1 in residue MET 91 was not found in rtp entry MET with 9 atoms while sorting atoms. 在PDB文件中，LPD1所在的行为： ATOM 21993 N MET F 313 36.785 -68.575 -69.582 1.00 50.14 N ATOM 21994 CA MET F 313 36.633 -67.142 -69.711 1.00 52.22 C ATOM 21995 C MET F 313 35.326 -66.715 -69.065 1.00 54.02 C ATOM 21996 O MET F 313 34.302 -67.352 -69.295 1.00 50.17 O ATOM 21997 CB MET F 313 36.576 -66.806 -71.197 1.00 50.96 C ATOM 21998 CG MET F 313 36.618 -65.328 -71.516 1.00 47.31 C ATOM 21999 SD MET F 313 36.851 -65.078 -73.278 1.00 47.41 S ATOM 22000 CE MET F 313 37.117 -63.331 -73.407 1.00 54.20 C ATOM 22001 LPD1 MET F 313 37.390 -65.424 -73.504 1.00 0.00 LP ATOM 22002 LPD2 MET F 313 36.299 -65.267 -73.626 1.00 0.00 LP 请问：LP是什么原子么？和MET有什么关系？是该直接删去么？新手上路，各位大神不吝赐教，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
国社科系统bug了，是不是要放榜了？
已经有10人回复
-
现代”学阀”该如何界定
已经有9人回复
-
课题组招2027级博士 上海工程技术大学 激光智能制造方向
已经有4人回复
-
上海工程技术大学 激光智能制造课题组 2027级博士研究生招生
已经有3人回复
-
上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告
已经有11人回复
-
上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生
已经有10人回复
-
申博发邮件
已经有11人回复
-
各位大神，目前国内有哪些比较好用的逆合成软件？
已经有12人回复
-
我的奶奶
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
。看了一下原版的pdb文件确实没有LP这种原子（类型），我这个是经过sybyl处理过的蛋白质，删去了水和其它小分子，可能就是处理过程中的问题。 
3楼2018-02-19 17:27:32
hclwonder
新虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2564.1
- 红花: 28
- 帖子: 371
- 在线: 68.2小时
- 虫号: 2837657
- 注册: 2013-11-30
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2018-02-19 09:23:34
4楼2018-02-27 17:04:28