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可乐白面包

新虫 (小有名气)

[求助] NAMD,蛋白跑出水盒子已有1人参与

HELP!

330个残基的酶蛋白,用NAMD模拟在高温下(45度)的构象变化,但是蛋白始终跑出水盒子(solvate X.psf X.pdb -t 10 -o X_wb)

尝试过:1)换力场,从27换到36;2)延长模拟时间,从5ns到10ns;3)扩大水盒子,差不多是向外延伸了30A;4)检查过能量最小化的结果,应该是没有问题的。

还可以从哪些方面进行改善吗?万分感谢!

## Job Description
# NAMD Configuration for Equilibration (NPT) of
# A in a Water Box
# 2017-03-21 Amanda

## Self-defined Variable
set STRUCT         X_wb_ionized
set LAST_RUN      X_wb_min
set THIS_RUN       X_wb_md1
set FTS            0 ;# firsttimestep
set NMD            2500000 ;# 5ns
set TST            2.0 ;# 2fs/timestep
set TEP            318 ; # temperature
set FREQ           1000 ;# 1000steps = every 2ps


## Input and Output Filename Prefix
structure           ../common/$STRUCT.psf
coordinates         $LAST_RUN.coor
extendedSystem      $LAST_RUN.xsc
outputName          $THIS_RUN
binaryOutput        no


## Force Field
paraTypeCharmm      on
parameters          ../common/par_all36_prot.prm
parameters          ../common/par_all36_carb.prm
parameters          ../common/par_all36_cgenff.prm
parameters          ../common/par_all36_lipid.prm
parameters          ../common/par_all36_na.prm
parameters          ../common/toppar_water_ions_namd.str
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0 ;# cutoff - 2.0
pairlistdist        14.0 ;# cutoff + 2.0
margin              2.0

## PBC amd PME

wrapAll              on
cellBasisVector1      70.74        0.0        0.0
cellBasisVector2      0.0        73.03        0.0
cellBasisVector3      0.0        0.0        81.51
cellOrigin               62.50    58.68    59.56

PME                   yes
PMEGridSpacing        1.0

## Ensemble: NPT

temperature          $TEP
COMmotion            no
timestep             $TST
rigidBonds           all
firsttimestep        $FTS

fullElectFrequency   1
nonbondedFreq        1
stepsPerCycle        20

## Constant Temperature Control
tCouple               on
tCoupleTemp           $TEP

## Constant Pressure Control
langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;# in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay   50.0
langevinPistonTemp    $TEP

useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

## Output Frequency
restartfreq           $FREQ
dcdfreq               $FREQ
xstFreq               $FREQ
outputEnergies        $FREQ
outputPressure        $FREQ

## Execution
reinitvels            $TEP
run                   $NMD

NAMD,蛋白跑出水盒子
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zhaojingzsx

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你好,请问namd软件是在哪里下载的呀?
2楼2017-05-08 11:54:58
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hclwonder

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaojingzsx at 2017-05-08 11:54:58
你好,请问namd软件是在哪里下载的呀?

直接搜namd就能找到啊,uiuc.edu那个,注册就可以下载。

发自小木虫Android客户端
3楼2017-05-08 13:36:44
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hanzhongjie

铜虫 (小有名气)

请问楼主解决了嘛?为什么会跑出水盒子
加油啊
4楼2018-03-21 09:27:54
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