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可乐白面包

新虫 (小有名气)

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专业: 生物海洋学与海洋生物资源

[求助] NAMD，蛋白跑出水盒子已有1人参与

HELP！

330个残基的酶蛋白，用NAMD模拟在高温下（45度）的构象变化，但是蛋白始终跑出水盒子（solvate X.psf X.pdb -t 10 -o X_wb）

尝试过：1）换力场，从27换到36；2）延长模拟时间，从5ns到10ns；3）扩大水盒子，差不多是向外延伸了30A；4）检查过能量最小化的结果，应该是没有问题的。

还可以从哪些方面进行改善吗？万分感谢！

## Job Description
# NAMD Configuration for Equilibration (NPT) of
# A in a Water Box
# 2017-03-21 Amanda

## Self-defined Variable
set STRUCT       X_wb_ionized
set LAST_RUN    X_wb_min
set THIS_RUN    X_wb_md1
set FTS          0 ;# firsttimestep
set NMD          2500000 ;# 5ns
set TST          2.0 ;# 2fs/timestep
set TEP          318 ; # temperature
set FREQ          1000 ;# 1000steps = every 2ps

## Input and Output Filename Prefix
structure          ../common/$STRUCT.psf
coordinates       $LAST_RUN.coor
extendedSystem    $LAST_RUN.xsc
outputName       $THIS_RUN
binaryOutput       no

## Force Field
paraTypeCharmm    on
parameters       ../common/par_all36_prot.prm
parameters       ../common/par_all36_carb.prm
parameters       ../common/par_all36_cgenff.prm
parameters       ../common/par_all36_lipid.prm
parameters       ../common/par_all36_na.prm
parameters       ../common/toppar_water_ions_namd.str
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.0
switching          on
switchdist       10.0 ;# cutoff - 2.0
pairlistdist       14.0 ;# cutoff + 2.0
margin             2.0

## PBC amd PME

wrapAll             on
cellBasisVector1    70.74       0.0       0.0
cellBasisVector2    0.0       73.03       0.0
cellBasisVector3    0.0       0.0       81.51
cellOrigin             62.50 58.68 59.56

PME                yes
PMEGridSpacing       1.0

## Ensemble: NPT

temperature       $TEP
COMmotion          no
timestep          $TST
rigidBonds          all
firsttimestep       $FTS

fullElectFrequency 1
nonbondedFreq       1
stepsPerCycle       20

## Constant Temperature Control
tCouple             on
tCoupleTemp          $TEP

## Constant Pressure Control
langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;# in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay 50.0
langevinPistonTemp $TEP

useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no
useConstantArea    no

## Output Frequency
restartfreq          $FREQ
dcdfreq             $FREQ
xstFreq             $FREQ
outputEnergies       $FREQ
outputPressure       $FREQ

## Execution
reinitvels          $TEP
run                $NMD

捕获.PNG

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