| 查看: 1583 | 回复: 6 | ||
[求助]
求助关于namd中能量优化的一点疑问
|
|
能量优化过程说要分两步进行：通常我们会首先将蛋白质固定而仅允许水分子运动，进行能量最小化和能量平衡；然后允许蛋白质和水分子同时运动。这是要在配置文件中自己设置吗，还是namd本身就固定了这种模式？ 还有我在一篇文献中看到可以在namd的能量最小化和动力学模拟中对蛋白质溶质施加指定大小的约束，并缓慢升温。但是我在namd的tutorial和user guide中都没有看到这方面的内容，所以不知道具体该怎么做 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 在同源二聚体转录因子识别螺旋相对运动中发现平面摆动现象.pdf
2012-06-13 23:24:38, 619.72 K
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
有你就足够» 猜你喜欢
求助
已经有4人回复
-
0805材料320求调剂
已经有3人回复
-
297求调剂
已经有11人回复
-
268求调剂
已经有9人回复
-
一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂
已经有10人回复
-
278求调剂
已经有7人回复
-
26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂
已经有5人回复
-
280求调剂
已经有9人回复
-
279求调剂
已经有5人回复
-
286求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于NAMD mpi并行问题
已经有4人回复
- 关于过渡态和能量优化的问题
已经有7人回复
- 新手求助~关于VASP位置优化的问题
已经有6人回复
- 【求助】咨询：高斯优化中局域能量最小值和全局最小值的问题
已经有6人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】LAMMPS、NAMD和CHARMM谁最适合生物大分子模拟？
已经有8人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
2楼2012-06-14 08:10:21
3楼2012-06-14 09:09:49
4楼2012-06-14 10:03:59
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhongshun: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2012-06-21 11:41:24
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-21 13:17:24
zhongshun: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2012-06-21 11:41:24
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-21 13:17:24
|
seed 1010 # Random number seed used to generate initial numsteps 300000 # Number of integration steps temperature 0 # Initial temperature (in K), at which initial velocity reassignFreq 1 # Number of steps between reassignment of velocities reassignIncr 0.001 # Increment used to adjust temperature during temperature reassignment reassignHold 300 # The value of temperature to be kept after heating is completed 仅供参考！哈哈 |
5楼2012-06-21 11:33:18
有你就足够
木虫 (正式写手)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2059.3
- 红花: 1
- 帖子: 705
- 在线: 247.8小时
- 虫号: 3001766
- 注册: 2014-02-27
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
6楼2016-06-30 22:46:16
一时花开11
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1149.6
- 散金: 640
- 红花: 5
- 沙发: 3
- 帖子: 487
- 在线: 50小时
- 虫号: 7191214
- 注册: 2017-09-16
- 专业: 大气环境与全球气候变化
7楼2018-03-27 20:05:43
