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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 关于过渡态和能量优化的问题
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ldzh0531

木虫 (小有名气)

[求助] 关于过渡态和能量优化的问题

ts优化过渡态的时候，用gaussview画过渡态，是把连接的两个分子靠近还是用虚线连起来？
另外，怎么判断优化出来的结构是global minimum还是local minimum？我曾经想计算一个旋转能垒，由于分子自身对称性，旋转之后又回到原来的构型。所以我直接画图转到能量最高的构型，但是优化出来的还是原来的构型，怎么解决这问题？
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1楼2011-11-08 12:05:02
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wolfzhong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-11-08 12:47:07
ldzh0531(金币+4): 谢谢，旋转势能面的问题能不能详细点呢 2011-11-08 20:08:09
1.你连和不连，他就在那里，只是在gv里一个现实罢了。过渡态不好找，除了一些简单的之外（个人认为）。
2.GM或LM的问题，凭当个结构是无法判断的，关键是要找出所有可能的结构，来比较他们的能量那个最低，才能得到GM；例如一个六环glucose分子就有100多个结构，你得将这些全部找全。文献中间有时声称的GM其实不是，因为设计的构型不够多。
3.旋转的势能面比较简单，若重叠式和交叉式的对称性不同，可直接通过优化对应对称性结构得到；对于对称性相同的情况下，可用opt=(ModRedun)限制两个ligands的二面角得到重叠式。
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2楼2011-11-08 12:44:01
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
过渡态连和不连我都试了试，没连的那个还在运行，连着的那个直接出现link died 信息是：Convergence failure——run terminated
Error termination via Lnkle in......\l502.exe 这是什么原因呢？
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3楼2011-11-08 20:12:13
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dreamyeye

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by ldzh0531 at 2011-11-08 20:12:13:
过渡态连和不连我都试了试，没连的那个还在运行，连着的那个直接出现link died 信息是：Convergence failure——run terminated
Error termination via Lnkle in......\l502.exe 这是什么原因呢？

还是不连吧，连了可能系统默认他成键，要是反应是断这个键，那就不应该连，再说，为什么要连呢？不连他就不成键了吗？就是成键也可以做成不连的。
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4楼2011-11-08 22:42:18
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wolfzhong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

ldzh0531(金币+2): 谢谢，我固定一下二面角试试 2011-11-09 12:24:13
关于以乙烷为例：交叉是D3d；重叠式D3h；分别在两个不同的对称性下优化就可知道重叠式有个小虚频，对应于旋转，重叠式就是TS了。
乙烷上一个H被Cl取代，此时重叠式和交叉式都是Cs对称性，于是你想优化时候都是趋向能量低的交叉式；你在重叠式下优化TS不知道行不行（旋转势能面太平），这种情况将C1H1C2Cl的二面角固定为0/180优化出来的两个基团肯定是重叠的，我想这就是你想要的结果了吧。
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5楼2011-11-09 02:46:30
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nilanle

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

ldzh0531(金币+1): gview里怎么设置对称性啊，计算时不是默认对称性保持吗 2011-11-12 21:00:08
我也认为分子间的间主要是距离，连接还是不不连其实没有多大的意思。要想计算重叠式和交叉式其实只要在view里设置不同的对称性就可以了，然后在计算的时候保持这个对称性就能得到相应的位置的能量。
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6楼2011-11-11 14:04:12
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zh542784015

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我记得有一种算法，可以直接输入反应物和生成物，可以计算出过渡态的来着。
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7楼2011-11-12 08:28:23
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xiongb123456

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zh542784015 at 2011-11-12 08:28:23:
我记得有一种算法，可以直接输入反应物和生成物，可以计算出过渡态的来着。

有是有QTS2和QTS3 好像是这两个
不过 感觉 这两个方法 很难找出来所要的过渡态
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8楼2011-11-14 08:12:27
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