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溶剂效应和优化过渡态的问题
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| 溶剂效应、温度等是优化结束后加还是跟优化一起呢？另外，用qst寻找过渡态的时候，要先优化反应物和产物（反应物和产物不只一种，要先优化他们的复合物）。如果优化的反应物和产物复合物的结构不是能量最低点而是local minimum还能不能做qst的过渡态寻找呢？只是寻找过渡态。我的意思是把反应物—过渡态—产物看成一个单独的反应，只计算他们的相对能量可不可以？ |
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zhangmt
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gmy1990(金币+3): 2011-12-30 19:30:50
gmy1990(金币+3): 2011-12-30 19:30:50
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能量这个词，太泛泛了。。你要清晰能量概念的范畴。。 比如说，分子内能、焓、自由能都是能量。 计算分子内能一般包括：平动、转动、振动、电子势能、电子动能、核势能等， SCF自洽的，仅仅是电子势能这一部分，它仅仅取决于电子在核外的排布方式，此项与温度无关。而opt优化的就是找这个能量的最低点，因此，opt与温度无关。 与温度有关的，是平动、转动、振动项，其中平动项还与压力有关。这些称之为热力学能。 所以，普通的opt，给出的只是电子能，就是E(SCF)这一项。 计算频率时，给出温度、压力，才能算出热力学项，同时可以算出零点能，做了校正之后，才可以给出焓、自由能等。。 单点算，如果不做频率分析，得到的依然仅仅是E(SCF)，此项与温度无关。 |
7楼2011-12-30 11:25:01
xiongb123456
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4楼2011-12-27 21:50:14
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1、优化，是寻找电子能量的最小点，也就是找E(SCF)的最小点，该点于温度无关； 2、按理说，在溶剂中应该重新优化，但目前的溶剂化模型也非常粗糙，重新优化的也未必对，大家就都用气相优化的结果，直接在溶剂环境下做单点算，这应该算是睁一只眼闭一只眼吧。没办法，溶剂化模型太差。。。 3、过渡态理论只对基元反应适用。如果还有反应前期络合物，那就得从前期络合物入手。 4、无论QST还是TS找到的过渡态，都未必是真的，要跑IRC验证的。。如果都能验证成功，那自然是能垒最低的那个才是过渡态。。 |
5楼2011-12-28 12:40:49
6楼2011-12-30 11:11:07
8楼2012-01-05 17:46:53
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9楼2012-01-05 23:09:44
10楼2012-03-13 23:46:48
