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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 关于反应机理计算的问题集锦+求助
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gebitingqin

铁虫 (小有名气)

[交流] 关于反应机理计算的问题集锦+求助 已有3人参与

关于反应机理计算的问题集锦
【问】如题：各位大侠，小弟请教个问题，什么软件可以模拟有机反应机理或反应历程？比如知道一个反应的可能的反应机理，想验证此机理的准确性有多大，可以用什么软件模拟一下吗？我原先没接触过分子模拟，突然想到这个问题，想请教一下各位大侠
【答】gaussian
【问】如何计算？
【答】一种是你自己设计过度态,然后优化过度态,或者用QST2或者QST3方法寻找过度态,完了做频率分析,然后做IRC,然后计算单点能!然后优化各驻点!基本上就是这样,你这样说的太笼统,反正基本上就是这样个过程!希望对你有帮助!

Oniom方法可用来研究比较大的体系
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做事情有明确的目的和充分的准备
1楼 2011-10-15 23:40:09
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gebitingqin

铁虫 (小有名气)
【请问】在构建初始过渡态时，出了自己预测的反应机理外，有没有一定的指导思想？看了论坛上很多帖子，大部分都在讲述方法，但是具体过渡态的构建除了说靠经验之外没有其他高招吗，能不能借助电荷分析，以及分子轨道分布来辅助构建呢？如果能，应该考察哪些特征？
问题有点啰嗦，请懂的前辈耐心讲解，非常感谢。
【答】你说的这些不就是经验么？分析体系的电荷分布，轨道组合以及各种可能的弱相互作用，配位作用等等，这个都是要靠经验靠知识积累的。没做这些分析就开始算的话那几本上是瞎算~算出来也不一定得到别人认同
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做事情有明确的目的和充分的准备
2楼2011-10-15 23:43:37
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gebitingqin

铁虫 (小有名气)
对计算反应机理有用的贴
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1620532  一个网友的血泪教训
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1704823  催化反应（A+B生成C）
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1742565  Fe怎么算
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1527579  过渡态三件事
以及这个帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146的第二章第六节和第七节（选方法和基组）、第二章第十八节（过渡态三件事，改进版）、第二章第二十一节（反应的判据）
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做事情有明确的目的和充分的准备
3楼2011-10-16 09:25:16
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gebitingqin

铁虫 (小有名气)
【问】寻找SN2过渡态中遇到的一些问题
最近要做溴甲烷碱性水解反应的理论计算。想要找出过渡态，结果遇到了如下问题，想了很长时间也没解决，请前辈指点一下啊！     
问题一：
    怎么创建这种SN2过渡态的分子？自己在网上看到了如下的两种方法：
A  完全按照这个过渡态画，C上连接五个键，CHHH一平面，HOCBr一平面，两平面垂直。
B  OH和溴甲烷分别输入，将O靠近C，但不连接成建。
    不知道该用哪一种方法呢？

问题二：
    该过渡态的分子说明是否该写为-1 1啊？

问题三：
    对于使用TS3寻找的话，是要按照OH^-1 CH3Br 过渡态 CH3OH Br^-1来输入还是按照NaOH CH3Br 过渡态 CH3OH NaBr来输入？

问题四：
      这个反应是在液相中进行的，而且要一定的温度。那么在搜寻过渡态的过程中是否要考虑溶剂效应和设定不同的温度和压力了？

附注：如果哪位前辈有过搜寻SN2过渡态的例子，可否将这个例子分享一下吗？3Q！

【答】问题一：个人认为B比较好一点，但是要注意一些位置，避免明显的位阻效应。可以优化产物醇的构像，看一下C-O键长，TS以及可能的R肯定要比这个CO键长长一点，具体多少可以尝试得到，分子很小不碍事。
问题二：可能的R TS P应该都是-1 1
问题三：忽略Na
问题四：需要考虑溶剂化、温度以及压力。具体输入参考gaussian manual
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做事情有明确的目的和充分的准备
4楼2011-10-16 09:33:16
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gebitingqin

铁虫 (小有名气)
问题：粗粗看了一下，做的反应机理涉及的都是小分子或者过渡金属，一般较大的有机分子行不行呢？比如碳原子在20个左右，芳环结构占主要部分，柔性不大的分子，反应机理已有猜测，缺少证据，做反应机理有没有可能？
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做事情有明确的目的和充分的准备
5楼2011-10-16 10:53:06
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by gebitingqin at 2011-10-16 10:53:06:
问题：粗粗看了一下，做的反应机理涉及的都是小分子或者过渡金属，一般较大的有机分子行不行呢？比如碳原子在20个左右，芳环结构占主要部分，柔性不大的分子，反应机理已有猜测，缺少证据，做反应机理有没有可能？

200个原子的我都硬着头皮上了，你这才20个...
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

gebitingqin
6楼2011-10-17 13:13:02
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gebitingqin

铁虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by fatpig8832 at 2011-10-17 13:13:02:
200个原子的我都硬着头皮上了，你这才20个...

我一下觉着有希望了，那到时能否请教你啊？你有没有相关的文献给一篇我先学学？

[ Last edited by gebitingqin on 2011-10-17 at 15:43 ]
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做事情有明确的目的和充分的准备
7楼2011-10-17 15:41:22
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JLU_chem_man

新虫 (正式写手)

质谱蛋白质学习者
mark一下！
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努力奋斗！！！
8楼2011-10-17 23:17:48
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by gebitingqin at 2011-10-17 15:41:22:
我一下觉着有希望了，那到时能否请教你啊？你有没有相关的文献给一篇我先学学？
[ Last edited by gebitingqin on 2011-10-17 at 15:43 ]

其实这个也没什么可请教的...

只要你选好方法和基组，一切做法和算小分子的一样...就是计算所花的时间很长，很长，很长...
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9楼2011-10-18 09:57:47
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ccssioc

至尊木虫 (文坛精英)

Mac Milan
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
采用分子力学记得也可以做
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MacMilan
10楼2012-05-28 10:56:50
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