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关于反应机理计算的问题集锦+求助 已有3人参与
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关于反应机理计算的问题集锦 【问】如题：各位大侠，小弟请教个问题，什么软件可以模拟有机反应机理或反应历程？比如知道一个反应的可能的反应机理，想验证此机理的准确性有多大，可以用什么软件模拟一下吗？我原先没接触过分子模拟，突然想到这个问题，想请教一下各位大侠 【答】gaussian 【问】如何计算？ 【答】一种是你自己设计过度态,然后优化过度态,或者用QST2或者QST3方法寻找过度态,完了做频率分析,然后做IRC,然后计算单点能!然后优化各驻点!基本上就是这样,你这样说的太笼统,反正基本上就是这样个过程!希望对你有帮助! Oniom方法可用来研究比较大的体系 |
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 Bao_S_J |
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fatpig8832
铁杆木虫 (著名写手)
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gebitingqin6楼2011-10-17 13:13:02
2楼2011-10-15 23:43:37
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对计算反应机理有用的贴 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1620532 一个网友的血泪教训 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1704823 催化反应（A+B生成C） http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1742565 Fe怎么算 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1527579 过渡态三件事 以及这个帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146的第二章第六节和第七节（选方法和基组）、第二章第十八节（过渡态三件事，改进版）、第二章第二十一节（反应的判据） |
3楼2011-10-16 09:25:16
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【问】寻找SN2过渡态中遇到的一些问题 最近要做溴甲烷碱性水解反应的理论计算。想要找出过渡态，结果遇到了如下问题，想了很长时间也没解决，请前辈指点一下啊！ 问题一： 怎么创建这种SN2过渡态的分子？自己在网上看到了如下的两种方法： A 完全按照这个过渡态画，C上连接五个键，CHHH一平面，HOCBr一平面，两平面垂直。 B OH和溴甲烷分别输入，将O靠近C，但不连接成建。 不知道该用哪一种方法呢？ 问题二： 该过渡态的分子说明是否该写为-1 1啊？ 问题三： 对于使用TS3寻找的话，是要按照OH^-1 CH3Br 过渡态 CH3OH Br^-1来输入还是按照NaOH CH3Br 过渡态 CH3OH NaBr来输入？ 问题四： 这个反应是在液相中进行的，而且要一定的温度。那么在搜寻过渡态的过程中是否要考虑溶剂效应和设定不同的温度和压力了？ 附注：如果哪位前辈有过搜寻SN2过渡态的例子，可否将这个例子分享一下吗？3Q！ 【答】问题一：个人认为B比较好一点，但是要注意一些位置，避免明显的位阻效应。可以优化产物醇的构像，看一下C-O键长，TS以及可能的R肯定要比这个CO键长长一点，具体多少可以尝试得到，分子很小不碍事。 问题二：可能的R TS P应该都是-1 1 问题三：忽略Na 问题四：需要考虑溶剂化、温度以及压力。具体输入参考gaussian manual |
4楼2011-10-16 09:33:16
