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ldzh0531

木虫 (小有名气)

[求助] 关于过渡态和能量优化的问题

ts优化过渡态的时候,用gaussview画过渡态,是把连接的两个分子靠近还是用虚线连起来?
另外,怎么判断优化出来的结构是global minimum还是local minimum?我曾经想计算一个旋转能垒,由于分子自身对称性,旋转之后又回到原来的构型。所以我直接画图转到能量最高的构型,但是优化出来的还是原来的构型,怎么解决这问题?
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wolfzhong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-11-08 12:47:07
ldzh0531(金币+4): 谢谢,旋转势能面的问题能不能详细点呢 2011-11-08 20:08:09
1.你连和不连,他就在那里,只是在gv里一个现实罢了。过渡态不好找,除了一些简单的之外(个人认为)。
2.GM或LM的问题,凭当个结构是无法判断的,关键是要找出所有可能的结构,来比较他们的能量那个最低,才能得到GM;例如一个六环glucose分子就有100多个结构,你得将这些全部找全。文献中间有时声称的GM其实不是,因为设计的构型不够多。
3.旋转的势能面比较简单,若重叠式和交叉式的对称性不同,可直接通过优化对应对称性结构得到;对于对称性相同的情况下,可用opt=(ModRedun)限制两个ligands的二面角得到重叠式。
2楼2011-11-08 12:44:01
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ldzh0531

木虫 (小有名气)

过渡态连和不连我都试了试,没连的那个还在运行,连着的那个直接出现link died 信息是:Convergence failure——run terminated
Error termination via Lnkle in......\l502.exe 这是什么原因呢?
3楼2011-11-08 20:12:13
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dreamyeye

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by ldzh0531 at 2011-11-08 20:12:13:
过渡态连和不连我都试了试,没连的那个还在运行,连着的那个直接出现link died 信息是:Convergence failure——run terminated
Error termination via Lnkle in......\l502.exe 这是什么原因呢?

还是不连吧,连了可能系统默认他成键,要是反应是断这个键,那就不应该连,再说,为什么要连呢?不连他就不成键了吗?就是成键也可以做成不连的。
4楼2011-11-08 22:42:18
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wolfzhong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

ldzh0531(金币+2): 谢谢,我固定一下二面角试试 2011-11-09 12:24:13
关于以乙烷为例:交叉是D3d;重叠式D3h;分别在两个不同的对称性下优化就可知道重叠式有个小虚频,对应于旋转,重叠式就是TS了。
乙烷上一个H被Cl取代,此时重叠式和交叉式都是Cs对称性,于是你想优化时候都是趋向能量低的交叉式;你在重叠式下优化TS不知道行不行(旋转势能面太平),这种情况将C1H1C2Cl的二面角固定为0/180优化出来的两个基团肯定是重叠的,我想这就是你想要的结果了吧。
5楼2011-11-09 02:46:30
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nilanle

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

ldzh0531(金币+1): gview里怎么设置对称性啊,计算时不是默认对称性保持吗 2011-11-12 21:00:08
我也认为分子间的间主要是距离,连接还是不不连其实没有多大的意思。要想计算重叠式和交叉式其实只要在view里设置不同的对称性就可以了,然后在计算的时候保持这个对称性就能得到相应的位置的能量。
6楼2011-11-11 14:04:12
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zh542784015

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我记得有一种算法,可以直接输入反应物和生成物,可以计算出过渡态的来着。
7楼2011-11-12 08:28:23
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xiongb123456

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by zh542784015 at 2011-11-12 08:28:23:
我记得有一种算法,可以直接输入反应物和生成物,可以计算出过渡态的来着。

有是有QTS2和QTS3 好像是这两个
不过 感觉 这两个方法 很难找出来所要的过渡态
8楼2011-11-14 08:12:27
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