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求助关于namd中能量优化的一点疑问
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能量优化过程说要分两步进行：通常我们会首先将蛋白质固定而仅允许水分子运动，进行能量最小化和能量平衡；然后允许蛋白质和水分子同时运动。这是要在配置文件中自己设置吗，还是namd本身就固定了这种模式？ 还有我在一篇文献中看到可以在namd的能量最小化和动力学模拟中对蛋白质溶质施加指定大小的约束，并缓慢升温。但是我在namd的tutorial和user guide中都没有看到这方面的内容，所以不知道具体该怎么做 |
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2012-06-13 23:24:38, 619.72 K
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4楼2012-06-14 10:03:59
2楼2012-06-14 08:10:21
3楼2012-06-14 09:09:49
【答案】应助回帖
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zhongshun: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2012-06-21 11:41:24
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-21 13:17:24
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-21 13:17:24
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seed 1010 # Random number seed used to generate initial numsteps 300000 # Number of integration steps temperature 0 # Initial temperature (in K), at which initial velocity reassignFreq 1 # Number of steps between reassignment of velocities reassignIncr 0.001 # Increment used to adjust temperature during temperature reassignment reassignHold 300 # The value of temperature to be kept after heating is completed 仅供参考！哈哈 |
5楼2012-06-21 11:33:18
