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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助关于namd中能量优化的一点疑问
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 求助关于namd中能量优化的一点疑问

能量优化过程说要分两步进行：通常我们会首先将蛋白质固定而仅允许水分子运动，进行能量最小化和能量平衡；然后允许蛋白质和水分子同时运动。这是要在配置文件中自己设置吗，还是namd本身就固定了这种模式？

还有我在一篇文献中看到可以在namd的能量最小化和动力学模拟中对蛋白质溶质施加指定大小的约束，并缓慢升温。但是我在namd的tutorial和user guide中都没有看到这方面的内容，所以不知道具体该怎么做
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1楼 2012-06-13 23:24:44
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-14 09:23:51
zhongshun: 金币+20, ★有帮助 2012-06-21 11:18:39
这个当然是要自己设置，
建议好好学习一下NAMD官网上的教程，官网上的tutorial有很多，仔细找找肯定会有，

user guide里面你好好看看“Harmonic restraint parameters” 一章的内容
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2楼2012-06-14 08:10:21
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
我把user guide打印出来，大概看了下，在constraint and restraint那里也看

了下，只是看不太懂，好像没有设置约束大小的命令呀

文献中所设置的约束的单位好像是说单位面积的能量，而且它在能量优化后

的模拟的初期施加一个很小的约束的目的是什么呀？
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3楼2012-06-14 09:09:49
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
为什么namd tutorial 的configuration 文件中能量最小化时没有先固定水分子的设定呀？
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4楼2012-06-14 10:03:59
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longshuj

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhongshun: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2012-06-21 11:41:24
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-21 13:17:24
seed              1010               # Random number seed used to generate initial   
numsteps          300000            # Number of integration steps
temperature       0                 # Initial temperature (in K), at which initial velocity   
reassignFreq      1                            # Number of steps between reassignment of velocities
reassignIncr     0.001                     # Increment used to adjust temperature during temperature reassignment
reassignHold     300                        # The value of temperature to be kept after heating is completed

仅供参考！哈哈
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5楼2012-06-21 11:33:18
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有你就足够

木虫 (正式写手)
送红花一朵
楼主，我想问问你，你这方面解决了没？最近我也在做这些，文献，大部分都是分两步两做的，你最后怎么解决的
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6楼2016-06-30 22:46:16
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一时花开11

新虫 (正式写手)
楼主，请问问题解决了吗？这几天我也在做关于此方面的问题，不知道该如何解决？就是如何固定分子而允许水分子运动

发自小木虫Android客户端
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7楼2018-03-27 20:05:43
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