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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD径向分布函数突降为零
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龙山狮崖

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] VMD径向分布函数突降为零

用namd跑了一遍纯水溶液的NPT动力学，然后用VMD分析水分子的径向分布函数，发现当r～13.5时，g（r）函数不再等于1，而是降为零了。水盒子大小为10×10×10A^3, timesetp=1fs,cutoff is 14.0 angstrom; switchdist is 8.0 angstrom; pairlistdist is 16.0 angstrom; total simulation time is 1ps.
不知道出现这个问题的原因是什么？同样的，跑某一个氨基酸的水溶液分子动力学，也出现这样的问题。
再多问一个问题，用g（r）怎么分析蛋白质或氨基酸周围的结合水的个数？
谢谢！
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独在异乡为异客
1楼 2018-01-16 10:37:51
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chuntao118

新虫 (著名写手)
建议读一下陈正隆《分子模拟的理论与实践》

的第七章。里面基本上都有你要的答案！

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2楼2018-01-16 13:01:17
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龙山狮崖

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2018-01-16 13:01:17
建议读一下陈正隆《分子模拟的理论与实践》
的第七章。里面基本上都有你要的答案！

肯定看过了呀。
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独在异乡为异客
3楼2018-01-16 13:12:27
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