| 查看: 1301 | 回复: 2 | ||
龙山狮崖铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
VMD径向分布函数突降为零
|
|
用namd跑了一遍纯水溶液的NPT动力学，然后用VMD分析水分子的径向分布函数，发现当r～13.5时，g（r）函数不再等于1，而是降为零了。水盒子大小为10×10×10A^3, timesetp=1fs,cutoff is 14.0 angstrom; switchdist is 8.0 angstrom; pairlistdist is 16.0 angstrom; total simulation time is 1ps. 不知道出现这个问题的原因是什么？同样的，跑某一个氨基酸的水溶液分子动力学，也出现这样的问题。 再多问一个问题，用g（r）怎么分析蛋白质或氨基酸周围的结合水的个数？ 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？
已经有20人回复
-
今天务委会开完了，明天出结果吗
已经有22人回复
-
在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。
已经有9人回复
-
明天应该可查了！？
已经有6人回复
-
有没有大神帮我看看基金代码
已经有10人回复
-
放榜前的不淡定
已经有19人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
chuntao118
新虫 (著名写手)
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 2590.9
- 散金: 1402
- 红花: 25
- 帖子: 1611
- 在线: 241.2小时
- 虫号: 1791567
- 注册: 2012-05-02
- 专业: 计算数学与科学工程计算
2楼2018-01-16 13:01:17
龙山狮崖
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 5877.1
- 红花: 6
- 帖子: 391
- 在线: 249.4小时
- 虫号: 1683187
- 注册: 2012-03-11
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2018-01-16 13:12:27
28