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龙山狮崖铁杆木虫 (正式写手)
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VMD径向分布函数突降为零
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用namd跑了一遍纯水溶液的NPT动力学，然后用VMD分析水分子的径向分布函数，发现当r～13.5时，g（r）函数不再等于1，而是降为零了。水盒子大小为10×10×10A^3, timesetp=1fs,cutoff is 14.0 angstrom; switchdist is 8.0 angstrom; pairlistdist is 16.0 angstrom; total simulation time is 1ps. 不知道出现这个问题的原因是什么？同样的，跑某一个氨基酸的水溶液分子动力学，也出现这样的问题。 再多问一个问题，用g（r）怎么分析蛋白质或氨基酸周围的结合水的个数？ 谢谢！ |
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