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gaolimei55银虫 (小有名气)
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[求助]
NAMD重复文献求助
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新手求助，求各位前辈帮忙看一下。 首先，我的情况：我想重复一篇文献的模拟过程（用NAMD），文章中说：体系先在300K下弛豫5ps，然后在NVE/NVT系综以及300K中thermalized（我不是很确定是什么意思）40ps，然后施加一个电场200ps（300K），最后是160ps的降温以及200ps的弛豫。 我只按教程简单学习过NAMD，不是很熟悉这个软件，问题： 1 以上过程在NAMD中是使用一个输入文件来控制还是分步控制？ 2 各个过程的模拟时间都是怎么控制的（除了第一步弛豫我找到了时间控制命令，其他的我都找到）？ |
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