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gaolimei55

银虫 (小有名气)

[求助] NAMD重复文献求助

新手求助,求各位前辈帮忙看一下。
首先,我的情况:我想重复一篇文献的模拟过程(用NAMD),文章中说:体系先在300K下弛豫5ps,然后在NVE/NVT系综以及300K中thermalized(我不是很确定是什么意思)40ps,然后施加一个电场200ps(300K),最后是160ps的降温以及200ps的弛豫。
我只按教程简单学习过NAMD,不是很熟悉这个软件,问题:
1 以上过程在NAMD中是使用一个输入文件来控制还是分步控制?
2 各个过程的模拟时间都是怎么控制的(除了第一步弛豫我找到了时间控制命令,其他的我都找到)?
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你好哈-

木虫 (小有名气)

这是动力学的基本流程,最好分布进行NAMD win下平衡和动力学是一起的,不建议这样

发自小木虫IOS客户端
2楼2017-10-31 09:57:58
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