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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD重复文献求助
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gaolimei55

银虫 (小有名气)

[求助] NAMD重复文献求助

新手求助，求各位前辈帮忙看一下。
首先，我的情况：我想重复一篇文献的模拟过程（用NAMD），文章中说：体系先在300K下弛豫5ps，然后在NVE/NVT系综以及300K中thermalized（我不是很确定是什么意思）40ps，然后施加一个电场200ps（300K），最后是160ps的降温以及200ps的弛豫。
我只按教程简单学习过NAMD，不是很熟悉这个软件，问题：
1 以上过程在NAMD中是使用一个输入文件来控制还是分步控制？
2 各个过程的模拟时间都是怎么控制的（除了第一步弛豫我找到了时间控制命令，其他的我都找到）？
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1楼 2017-10-31 09:47:03
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你好哈-

木虫 (小有名气)
这是动力学的基本流程，最好分布进行NAMD win下平衡和动力学是一起的，不建议这样

发自小木虫IOS客户端
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2楼2017-10-31 09:57:58
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