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gaolimei55银虫 (小有名气)
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[求助]
NAMD重复文献求助
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新手求助,求各位前辈帮忙看一下。 首先,我的情况:我想重复一篇文献的模拟过程(用NAMD),文章中说:体系先在300K下弛豫5ps,然后在NVE/NVT系综以及300K中thermalized(我不是很确定是什么意思)40ps,然后施加一个电场200ps(300K),最后是160ps的降温以及200ps的弛豫。 我只按教程简单学习过NAMD,不是很熟悉这个软件,问题: 1 以上过程在NAMD中是使用一个输入文件来控制还是分步控制? 2 各个过程的模拟时间都是怎么控制的(除了第一步弛豫我找到了时间控制命令,其他的我都找到)? |
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木虫 (小有名气)
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