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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] trr文件如何输出

进行模拟的时候没有让输出trr文件,但是现在发现要用到那个文件,用什么样的命令可以得到这个文件呢,望指点
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖


蓝紫色玻璃心(金币+5): 2012-02-14 11:54:09
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-17 22:11:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝紫色玻璃心 at 2012-02-10 09:49:29:
我的模拟感觉时间不是很充足,所以想延长一点时间,但是需要这个trr文件,难道说只能重新开始了吗这样的话?

也就是说你想接着上一步的模拟,继续增加模拟时间,是这样吧?

如果你的初始MDP文件中设置的模拟时间就很长,没有算完,想继续往下算的话,直接读入前一个断点(.cpt文件)就行了 ,在的mdrun  命令中加入-cpi  就可以把最初始设置的模拟时间算完。这中情况不需要.trr文件。

如果你初的MDP文件中设置的模拟时间已经算完了,想继续模拟下去,就更简单了,把你上一步得到的.gro文件作为继续模拟的初始结构,就可以了啊。也不需要以前的.trr 文件,如果你以后需要的话,可以在继续模拟的MDP文件中让.trr 文件输出出来。

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4楼2012-02-10 09:58:38
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-02-17 22:11:26
你可要从新运行一遍把TRR文件输出。

要是你之前的模拟有输出 XTC 文件,读入XTC 文件也能看到类似的结果。
2楼2012-02-10 09:46:35
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-10 09:46:35:
你可要从新运行一遍把TRR文件输出。

要是你之前的模拟有输出 XTC 文件,读入XTC 文件也能看到类似的结果。

我的模拟感觉时间不是很充足,所以想延长一点时间,但是需要这个trr文件,难道说只能重新开始了吗这样的话?
3楼2012-02-10 09:49:29
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-10 09:58:38:
也就是说你想接着上一步的模拟,继续增加模拟时间,是这样吧?

如果你的初始MDP文件中设置的模拟时间就很长,没有算完,想继续往下算的话,直接读入前一个断点(.cpt文件)就行了 ,在的mdrun  命令中加入-cp ...

也就是说我只需要再写一个mdp文件,然后继续就行了?谢谢哈,嘿嘿,刚刚接触,很多不懂的
5楼2012-02-10 10:45:17
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huyanqiu

新虫 (初入文坛)

跑完动力学后我也想要调用trr或者xtc文件,可是没有产生怎么办

发自小木虫Android客户端
6楼2018-03-25 23:42:51
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