24小时热门版块排行榜    

查看: 2415  |  回复: 5
本帖产生 1 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] trr文件如何输出

进行模拟的时候没有让输出trr文件,但是现在发现要用到那个文件,用什么样的命令可以得到这个文件呢,望指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖


蓝紫色玻璃心(金币+5): 2012-02-14 11:54:09
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-17 22:11:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝紫色玻璃心 at 2012-02-10 09:49:29:
我的模拟感觉时间不是很充足,所以想延长一点时间,但是需要这个trr文件,难道说只能重新开始了吗这样的话?

也就是说你想接着上一步的模拟,继续增加模拟时间,是这样吧?

如果你的初始MDP文件中设置的模拟时间就很长,没有算完,想继续往下算的话,直接读入前一个断点(.cpt文件)就行了 ,在的mdrun  命令中加入-cpi  就可以把最初始设置的模拟时间算完。这中情况不需要.trr文件。

如果你初的MDP文件中设置的模拟时间已经算完了,想继续模拟下去,就更简单了,把你上一步得到的.gro文件作为继续模拟的初始结构,就可以了啊。也不需要以前的.trr 文件,如果你以后需要的话,可以在继续模拟的MDP文件中让.trr 文件输出出来。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2012-02-10 09:58:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-02-17 22:11:26
你可要从新运行一遍把TRR文件输出。

要是你之前的模拟有输出 XTC 文件,读入XTC 文件也能看到类似的结果。
2楼2012-02-10 09:46:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-10 09:46:35:
你可要从新运行一遍把TRR文件输出。

要是你之前的模拟有输出 XTC 文件,读入XTC 文件也能看到类似的结果。

我的模拟感觉时间不是很充足,所以想延长一点时间,但是需要这个trr文件,难道说只能重新开始了吗这样的话?
3楼2012-02-10 09:49:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-10 09:58:38:
也就是说你想接着上一步的模拟,继续增加模拟时间,是这样吧?

如果你的初始MDP文件中设置的模拟时间就很长,没有算完,想继续往下算的话,直接读入前一个断点(.cpt文件)就行了 ,在的mdrun  命令中加入-cp ...

也就是说我只需要再写一个mdp文件,然后继续就行了?谢谢哈,嘿嘿,刚刚接触,很多不懂的
5楼2012-02-10 10:45:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:27 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:22 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:27 by oEVWOejN9taj
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:22 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:19 by oEVWOejN9taj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 5/250 2026-08-08 15:59 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:22 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:07 by oEVWOejN9taj
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:07 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:01 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +11 且听虎啸 2026-08-07 14/700 2026-08-08 12:50 by 布布和一二
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
信息提示
请填处理意见