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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教怎么从trr文件中导出坐标【已解决】
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。

[交流] 【求助】请教怎么从trr文件中导出坐标【已解决】 已有5人参与

我现在刚开始学gromacs，自己模拟了一下那个做1OMB的过程，踉踉跄跄的总算是做完了，但有一点我不明白。就是模拟完成之后，做出来的的gro文件里面好像只有最后一步的结构。trr里面应该是有所有帧的坐标，但是我不知道怎么把每帧的坐标导出来。从网上也找不到具体答案。
哪位同学能告诉我怎么从trr文件里导出来每帧的坐标么？
已解决，用vmd就可以。谢谢关注。

[ Last edited by yongma2008 on 2011-2-9 at 11:39 ]
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1楼 2011-02-09 17:55:44
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
已经解决。。谢谢关注
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2楼2011-02-09 18:37:59
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1dubo

银虫 (小有名气)
trjconv 命令很好用的，处理轨迹时，想用哪帧就用那帧
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3楼2011-02-16 13:41:15
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
引用回帖:
Originally posted by 1dubo at 2011-02-16 06:41:15:
trjconv 命令很好用的，处理轨迹时，想用哪帧就用那帧

我是用trjconv把蛋白质放在中心，然后把所有的轨迹全取出来，然后自己编程序把坐标读出来
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4楼2011-02-16 15:05:51
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memgr

铜虫 (正式写手)

希望楼主能告诉小生

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-02-09 09:55:44:
我现在刚开始学gromacs，自己模拟了一下那个做1OMB的过程，踉踉跄跄的总算是做完了，但有一点我不明白。就是模拟完成之后，做出来的的gro文件里面好像只有最后一步的结构。trr里面应该是有所有帧的坐标，但是我不 ...

我也在想这个问题，希望楼主能够告诉我怎么解决的  谢谢
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5楼2011-02-20 16:11:15
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-02-20 21:35:02
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-02-20 08:11:15:
我也在想这个问题，希望楼主能够告诉我怎么解决的  谢谢

安装vmd,打开你的轨迹文件，然后另存为xyz文件就行了
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6楼2011-02-20 20:09:47
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memgr

铜虫 (正式写手)

谢谢

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-02-20 12:09:47:
安装vmd,打开你的轨迹文件，然后另存为xyz文件就行了

谢谢师兄帮我解决了 很感激，谢谢
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7楼2011-02-21 14:50:21
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-02-21 06:50:21:
谢谢师兄帮我解决了 很感激，谢谢

不要客气，我也是刚开始学，共同进步
赞一下 回复此楼
8楼2011-02-21 20:02:15
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zx2456

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我想问下，你是准备对大量的粒子轨迹再继续编程计算吗？准备用什么软件编程的？
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9楼2012-08-21 10:28:50
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jikoukou

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这样存的是一帧一阵的坐标数据吗？
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啦啦啦~
10楼2015-12-07 10:01:01
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