应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教怎么从trr文件中导出坐标【已解决】
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 1633  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。

[交流] 【求助】请教怎么从trr文件中导出坐标【已解决】 已有5人参与

我现在刚开始学gromacs，自己模拟了一下那个做1OMB的过程，踉踉跄跄的总算是做完了，但有一点我不明白。就是模拟完成之后，做出来的的gro文件里面好像只有最后一步的结构。trr里面应该是有所有帧的坐标，但是我不知道怎么把每帧的坐标导出来。从网上也找不到具体答案。
哪位同学能告诉我怎么从trr文件里导出来每帧的坐标么？
已解决，用vmd就可以。谢谢关注。

[ Last edited by yongma2008 on 2011-2-9 at 11:39 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-02-09 17:55:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
已经解决。。谢谢关注
赞一下 回复此楼
2楼2011-02-09 18:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1dubo

银虫 (小有名气)
trjconv 命令很好用的，处理轨迹时，想用哪帧就用那帧
赞一下 回复此楼
3楼2011-02-16 13:41:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
引用回帖:
Originally posted by 1dubo at 2011-02-16 06:41:15:
trjconv 命令很好用的，处理轨迹时，想用哪帧就用那帧

我是用trjconv把蛋白质放在中心，然后把所有的轨迹全取出来，然后自己编程序把坐标读出来
赞一下 回复此楼
4楼2011-02-16 15:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)

希望楼主能告诉小生

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-02-09 09:55:44:
我现在刚开始学gromacs，自己模拟了一下那个做1OMB的过程，踉踉跄跄的总算是做完了，但有一点我不明白。就是模拟完成之后，做出来的的gro文件里面好像只有最后一步的结构。trr里面应该是有所有帧的坐标，但是我不 ...

我也在想这个问题，希望楼主能够告诉我怎么解决的  谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-02-20 16:11:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-02-20 21:35:02
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-02-20 08:11:15:
我也在想这个问题，希望楼主能够告诉我怎么解决的  谢谢

安装vmd,打开你的轨迹文件，然后另存为xyz文件就行了
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-02-20 20:09:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)

谢谢

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-02-20 12:09:47:
安装vmd,打开你的轨迹文件，然后另存为xyz文件就行了

谢谢师兄帮我解决了 很感激，谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-02-21 14:50:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-02-21 06:50:21:
谢谢师兄帮我解决了 很感激，谢谢

不要客气，我也是刚开始学，共同进步
赞一下 回复此楼
8楼2011-02-21 20:02:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zx2456

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我想问下，你是准备对大量的粒子轨迹再继续编程计算吗？准备用什么软件编程的？
赞一下 回复此楼
9楼2012-08-21 10:28:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jikoukou

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这样存的是一帧一阵的坐标数据吗？
赞一下 回复此楼
啦啦啦~
10楼2015-12-07 10:01:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yongma2008 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂310 +10 温柔的晚安 2026-03-25 11/550 2026-03-29 14:22 by markhwc
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +7 @taotao 2026-03-29 7/350 2026-03-29 12:03 by longlotian
[考研] 本科双非材料，跨考一志愿华电085801电气，283求调剂，任何专业都可以 +6 芝士雪baoo 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:16 by 松花缸1201
[考研] 本科新能源科学与工程，一志愿华理能动285求调剂 +7 AZMK 2026-03-28 11/550 2026-03-28 21:01 by xxxsssccc
[考研] 083000学硕274求调剂 +8 Li李鱼 2026-03-26 8/400 2026-03-28 20:33 by 加油向未来啊
[考研] 食品工程专硕一志愿中海洋309求调剂 +4 小张zxy张 2026-03-26 8/400 2026-03-28 19:25 by lbsjt
[考研] 317求调剂 +6 十闲wx 2026-03-24 6/300 2026-03-28 13:27 by Iveryant
[考研] 0703本科郑州大学求调剂 +3 nhj_ 2026-03-25 3/150 2026-03-28 13:24 by Iveryant
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +8 邱gl 2026-03-27 8/400 2026-03-28 12:42 by 唐沐儿
[考研] 328求调剂 +7 嗯滴的基本都 2026-03-27 7/350 2026-03-28 04:19 by fmesaito
[考研] 求调剂推荐 材料 304 +15 荷包蛋hyj 2026-03-26 15/750 2026-03-28 04:13 by fmesaito
[考研] 275求调剂 +10 jjjjjjjjjjl 2026-03-27 10/500 2026-03-27 23:47 by barnett0632
[考研] 085600，材料与化工321分，求调剂 +9 大馋小子 2026-03-27 9/450 2026-03-27 14:30 by mmm just
[考研] 322求调剂 +4 我真的很想学习 2026-03-23 4/200 2026-03-27 13:51 by 杨杨杨紫
[考研] 调剂求收留 +7 果然有我 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:26 by wxiongid
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 机械学硕310分，数一英一，一志愿211本科双非找调剂信息 +3 @357 2026-03-25 3/150 2026-03-26 16:34 by by.MENG
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +4 钢铁大炮 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭