24小时热门版块排行榜    

查看: 1939  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yongma2008

木虫 (著名写手)

论文?苦!主。

[交流] 【求助】请教怎么从trr文件中导出坐标【已解决】 已有5人参与

我现在刚开始学gromacs,自己模拟了一下那个做1OMB的过程,踉踉跄跄的总算是做完了,但有一点我不明白。就是模拟完成之后,做出来的的gro文件里面好像只有最后一步的结构。trr里面应该是有所有帧的坐标,但是我不知道怎么把每帧的坐标导出来。从网上也找不到具体答案。
哪位同学能告诉我怎么从trr文件里导出来每帧的坐标么?
已解决,用vmd就可以。谢谢关注。

[ Last edited by yongma2008 on 2011-2-9 at 11:39 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memgr

铜虫 (正式写手)

谢谢


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2011-02-20 12:09:47:
安装vmd,打开你的轨迹文件,然后另存为xyz文件就行了

谢谢师兄帮我解决了 很感激,谢谢
7楼2011-02-21 14:50:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

yongma2008

木虫 (著名写手)

论文?苦!主。

已经解决。。谢谢关注
2楼2011-02-09 18:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1dubo

银虫 (小有名气)

trjconv 命令很好用的,处理轨迹时,想用哪帧就用那帧
3楼2011-02-16 13:41:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongma2008

木虫 (著名写手)

论文?苦!主。

引用回帖:
Originally posted by 1dubo at 2011-02-16 06:41:15:
trjconv 命令很好用的,处理轨迹时,想用哪帧就用那帧

我是用trjconv把蛋白质放在中心,然后把所有的轨迹全取出来,然后自己编程序把坐标读出来
4楼2011-02-16 15:05:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +15 koalala 2026-08-24 17/850 2026-08-24 14:16 by hhs666
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 18/900 2026-08-24 12:03 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +12 kulium 2026-08-21 15/750 2026-08-24 12:02 by iaeyuan
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见