| 查看: 2815 | 回复: 17 | ||||
[交流]
【求助】GV输出的Oniom输入文件如何修改 已有4人参与
|
|
进行oniom的时候的输入文件时用GV直接生成的，请问哪些地方需要修改呢？生成文件如下，谢谢！ %chk=****** %mem=6MW %nprocshared=1 # opt=maxcycle=200 oniom(b3lyp/6-31g(d):uff) geom=connectivity Picture 1 0 1 0 2 0 2 O-O_R -1 10.02050000 11.24840000 -9.22310000 L O-O_2 0 10.02050000 11.24840000 3.91890000 H O-O_2 -1 10.06950000 8.48960000 -3.91890000 L O-O_2 0 12.30490000 11.33510000 2.61790000 H O-O_2 -1 7.78510000 8.40290000 -2.61790000 L O-O_R -1 12.06450000 12.56510000 -8.21510000 L O-O_2 0 12.06450000 12.56510000 4.92690000 H O-O_2 0 12.10990000 9.93650000 4.82840000 H O-O_2 -1 7.98010000 9.80150000 -4.82840000 L O-O_2 -1 13.48080000 10.62920000 0.36530000 L O-O_2 -1 6.60920000 9.10880000 -0.36530000 L O-O_2 -1 13.46610000 8.99080000 2.42470000 L O-O_2 -1 6.62390000 10.74720000 -2.42470000 L O-O_2 -1 14.92530000 11.17730000 2.48910000 L O-O_2 -1 4.88030000 11.17730000 4.08190000 L O-O_2 -1 14.24350000 12.42660000 -1.39310000 L O-O_2 -1 4.19850000 12.42660000 -5.17790000 L O-O_2 -1 16.00310000 10.76650000 -0.36140000 L O-O_2 -1 5.95810000 10.76650000 -6.20960000 L O-O_2 -1 14.19200000 9.88830000 -2.05540000 L O-O_2 -1 5.89800000 9.84970000 2.05540000 L O-O_2 -1 7.88570000 12.36640000 -5.41060000 L O-O_2 -1 8.34550000 10.59910000 -7.30300000 L O-O_2 -1 8.34550000 10.59910000 5.83900000 L O-O_2 -1 12.65930000 8.32700000 -3.50890000 L O-O_2 -1 7.43070000 11.41100000 3.50890000 L O-O_2 -1 11.50790000 10.67980000 -3.72180000 L O-O_2 -1 8.58210000 9.05820000 3.72180000 L O-O_2 -1 5.62330000 12.46030000 1.91350000 L O-O_2 -1 9.86600000 16.87200000 -3.72050000 L O-O_2 -1 9.86600000 12.73500000 -3.72050000 L O-O_2 -1 7.39520000 16.40460000 -2.96610000 L O-O_2 -1 7.39520000 13.20240000 -2.96610000 L O-O_2 -1 8.56380000 14.80350000 -4.69040000 L O-O_2 -1 6.46330000 16.99610000 -0.57690000 L O-O_2 -1 16.50830000 12.61090000 -5.99410000 L O-O_2 -1 6.46330000 12.61090000 -0.57690000 L O-O_2 -1 14.88720000 12.66750000 -3.92950000 L O-O_2 -1 4.84220000 12.66750000 -2.64150000 L O-O_2 -1 5.91270000 14.80350000 0.76090000 L O-O_2 -1 14.01420000 13.19880000 -6.57490000 L O-O_2 -1 3.96920000 13.19880000 0.00390000 L O-O_2 -1 11.94930000 14.80350000 -6.84040000 L O-O_2 -1 11.66970000 12.49410000 -5.61820000 L O-O_2 -1 11.66970000 17.11290000 -5.61820000 L O-O_2 -1 12.40910000 13.08680000 -3.16200000 L O-O_2 -1 12.40910000 16.52020000 -3.16200000 L O-O_2 -1 14.29620000 14.80350000 -2.51410000 L Si- -1 11.62430000 11.27250000 -9.06540000 L Al-Al3 0 11.62430000 11.27250000 4.07660000 H Si-Si3 -1 8.46570000 8.46550000 -4.07660000 L Si-Si3 -1 13.54210000 10.53280000 1.97130000 L H-H_ 4 Si-Si3 -1 3.49710000 10.53280000 4.59970000 L Si-Si3 -1 6.54790000 9.20520000 -1.97130000 L Si-Si3 -1 14.48140000 10.92670000 -0.86080000 L Si-Si3 -1 4.43640000 10.92670000 -5.71020000 L Si-Si3 -1 5.60860000 8.81130000 0.86080000 L Si-Si3 -1 12.54770000 8.85460000 5.93890000 L H-H_ 8 Si-Si3 -1 17.58730000 10.88340000 -0.63210000 L Si-Si3 -1 7.54230000 10.88340000 -5.93890000 L Si-Si3 -1 7.54230000 10.88340000 7.20310000 L Si-Si3 -1 11.49310000 9.15820000 -4.24880000 L Si-Si3 -1 8.59690000 10.57980000 -8.89320000 L Si-Si3 -1 8.59690000 10.57980000 4.24880000 L H-H_ 2 Si-Si3 -1 14.13190000 8.51250000 -2.88730000 L Si-Si3 -1 16.00310000 11.22550000 3.68370000 L Si-Si3 -1 5.95810000 11.22550000 2.88730000 L Si-Si3 -1 8.42760000 16.33110000 -4.19890000 L Si-Si3 -1 8.42760000 13.27590000 -4.19890000 L Si-Si3 -1 6.33210000 17.30090000 -2.15400000 L Si-Si3 -1 16.37710000 12.30610000 -4.41700000 L Si-Si3 -1 13.75790000 7.43190000 2.15400000 L Si-Si3 -1 6.33210000 12.30610000 -2.15400000 L Si-Si3 -1 5.49090000 16.33950000 0.52830000 L Si-Si3 -1 15.53590000 13.26750000 -7.09930000 L Si-Si3 -1 5.49090000 13.26750000 0.52830000 L Si-Si3 -1 12.42630000 13.26630000 -6.81150000 L Si-Si3 -1 12.42630000 13.26630000 6.33050000 L H-H_ 7 Si-Si3 -1 12.42630000 16.34070000 -6.81150000 L Si-Si3 -1 2.38130000 13.26630000 0.24050000 L Si-Si3 -1 11.36440000 12.24950000 -4.05690000 L Si-Si3 -1 11.36440000 17.35750000 -4.05690000 L Si-Si3 -1 8.72560000 7.48850000 4.05690000 L Si-Si3 -1 13.95660000 13.24820000 -2.74930000 L Si-Si3 -1 13.95660000 16.35880000 -2.74930000 L Si-Si3 -1 3.91160000 13.24820000 -3.82170000 L [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 15:28 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 高斯学习中的基础问题 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
wqmartin» 猜你喜欢
苏州科技大学 物理学专业 接收调剂生
已经有0人回复
-
湖南农业大学能源材料创新团队招收2025化学专业研究生（学硕）调剂
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有95人回复
-
2026年西华大学材料学院-材料近净成形与表面技术研究团队-招收调剂研究生
已经有9人回复
-
调剂信息
已经有0人回复
-
苏州科技大学 物理学专业 接收调剂生
已经有0人回复
-
高效微纳米储能材料与产业化推进实验室 苏州 招收硕士研究生（含调剂）
已经有0人回复
-
河北农大生物与医药专业招收调剂，名额充足
已经有0人回复
-
齐鲁工业大学 国家重点实验室-新能源、锂离子电池、材料、化学方向
已经有0人回复
-
杰青/长江团队招收调剂
已经有0人回复
-
中南林业科技大学罗勇锋教授团队2026年招收材料类调剂研究生
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 图谱修改
已经有3人回复
- journal of membrane science 修改稿求助
已经有14人回复
- 投晶体学报e需要上传修改稿，不知网址在哪里？
已经有4人回复
- 有木有人用getcif.pl这个脚本把POSCAR转换为cif文件的
已经有4人回复
- 麻烦大牛看一下我这个major revision该任何修改？
已经有8人回复
- 急！提交到国家的申请材料，若需修改附件材料，如何联系受理机构退回？？？？？？
已经有30人回复
- 如何做动力学模拟pdb文件
已经有4人回复
- word07公式中的字体如何修改成Times new roman
已经有5人回复
- GAUSSIAN的输入文件问题
已经有16人回复
- 在Lammps中安装xmovie工具时，Makefile文件怎么修改X库路径
已经有3人回复
- 请教一下在XP中如何保存文件
已经有4人回复
- 如何从下载的PDB文件中提取酶的活性中心
已经有6人回复
- 关于计算完后 输出文件 _BandStr.castep文件里内容的疑问
已经有4人回复
- 【求助】GV看输出文件
已经有6人回复
2楼2009-07-14 09:48:59
3楼2009-08-09 21:33:49
4楼2009-08-09 21:34:56
★
longyun80(金币+1):谢谢参与
longyun80(金币+1):谢谢参与
|
本帖内容被屏蔽 |
5楼2009-08-09 23:40:48
CKX
木虫 (著名写手)
- 应助: 45 (小学生)
- 金币: 2261.1
- 散金: 133
- 红花: 8
- 帖子: 1413
- 在线: 186.5小时
- 虫号: 602271
- 注册: 2008-09-14
- 专业: 理论和计算化学
6楼2009-08-10 00:51:49
userhung
禁虫 (文学泰斗)
木虫博士
- 应助: 1505 (讲师)
- 贵宾: 1.347
- 金币: 107941
- 红花: 241
- 沙发: 413
- 帖子: 122982
- 在线: 4265.2小时
- 虫号: 119626
- 注册: 2005-11-28
- 专业: 粒子物理学和场论
7楼2009-08-11 22:57:31
yjcmwgk
禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
- QC强帖: 38
- 应助: 165 (高中生)
- 贵宾: 16.999
- 金币: 554.6
- 散金: 39880
- 红花: 395
- 沙发: 2
- 帖子: 10406
- 在线: 1528.1小时
- 虫号: 448368
- 注册: 2007-11-01
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 科研工具资源
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 8-14 09:42
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 8-14 09:42
|
（1）搞清楚了oniom的格式才能有针对性的修改。 # opt freq=noraman oniom(mp2/6-311+g(3df,3pd):b3pw91/6-31g(d):b3lyp/3-21g) 【对High层，即H层，采用mp2/6-311+g(3df,3pd)； 对Media层，即M层，采用b3pw91/6-31g(d)； 对Low层，即L层，采用b3lyp/3-21g】 0 1 -2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1 【对Real体系采用b3lyp/3-21g水平的计算时，Real体系采用电荷0，多重度1的设置 对Mid体系采用b3pw91/6-31g(d)水平的计算时，Mid体系采用电荷-2，多重度1的设置 对Mid体系采用b3lyp/3-21g水平的计算时，Real体系采用电荷-2，多重度1的设置 对Model体系采用mp2/6-311+g(3df,3pd)水平的计算时，Model体系采用电荷2，多重度1的设置 对Model体系采用b3pw91/6-31g(d)水平的计算时，Model体系采用电荷2，多重度1的设置 对Model体系采用b3lyp/3-21g水平的计算时，Model体系采用电荷2，多重度1的设置】 【Real体系即是H+M+L层 Mid体系即是H+M层 Model体系即是H层】 C 0 -1.06827940 -2.59205361 0.00000000 L H 5 【Ｃ指的是１号原子是Ｃ ０表示该原子不冻结 -1.06827940 -2.59205361 0.00000000 表示分子坐标 L表示该原子是Low层 H表示，在对Mid体系进行计算的时候，该C原子改成H原子，成为Mid体系的悬挂原子 5表示，该原子是与Mid体系的5号原子相连接】 ========= gjf文件开始 --------- %nprocshared=1 %mem=500MB %chk=G:\ByHand\oniom\Li2PcONIOM.chk # opt freq=noraman oniom(mp2/6-311+g(3df,3pd):b3pw91/6-31g(d):b3lyp/3-21g) Li2Pc Oniom 0 1 -2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1 C 0 -1.06827940 -2.59205361 0.00000000 L H 5 C 0 -0.64817712 -4.05208072 0.00000000 L C 0 0.64817712 -4.05208072 0.00000000 L C 0 1.06827940 -2.59205361 0.00000000 L H 5 N 0 0.00000000 -1.69380459 0.00000000 M C 0 -0.64817712 4.05208072 0.00000000 L C 0 0.64817712 4.05208072 0.00000000 L C 0 -1.06827940 2.59205361 0.00000000 L H 10 C 0 1.06827940 2.59205361 0.00000000 L H 10 N 0 0.00000000 1.69380459 0.00000000 M C 0 2.59205361 -1.06827940 0.00000000 L H 13 C 0 4.05208072 -0.64817712 0.00000000 L N 0 1.69380459 0.00000000 0.00000000 M C 0 4.05208072 0.64817712 0.00000000 L C 0 2.59205361 1.06827940 0.00000000 L H 13 C 0 -2.59205361 -1.06827940 0.00000000 L H 18 C 0 -4.05208072 -0.64817712 0.00000000 L N 0 -1.69380459 0.00000000 0.00000000 M C 0 -4.05208072 0.64817712 0.00000000 L C 0 -2.59205361 1.06827940 0.00000000 L H 18 N 0 2.29712177 2.29712177 0.00000000 L N 0 -2.29712177 2.29712177 0.00000000 L N 0 -2.29712177 -2.29712177 0.00000000 L N 0 2.29712177 -2.29712177 0.00000000 L C 0 5.23533458 1.38094601 0.00000000 L H 0 5.20203797 2.45044856 0.00000000 L C 0 6.46048480 0.68548141 0.00000000 L H 0 7.38597263 1.22242753 0.00000000 L C 0 6.46048480 -0.68548141 0.00000000 L H 0 7.38597263 -1.22242753 0.00000000 L C 0 5.23533458 -1.38094601 0.00000000 L H 0 5.20203797 -2.45044856 0.00000000 L C 0 1.38094601 -5.23533458 0.00000000 L H 0 2.45044856 -5.20203797 0.00000000 L C 0 0.68548141 -6.46048480 0.00000000 L H 0 1.22242753 -7.38597263 0.00000000 L C 0 -0.68548141 -6.46048480 0.00000000 L H 0 -1.22242753 -7.38597263 0.00000000 L C 0 -1.38094601 -5.23533458 0.00000000 L H 0 -2.45044856 -5.20203797 0.00000000 L C 0 -5.23533458 -1.38094601 0.00000000 L H 0 -5.20203797 -2.45044856 0.00000000 L C 0 -6.46048480 -0.68548141 0.00000000 L H 0 -7.38597263 -1.22242753 0.00000000 L C 0 -6.46048480 0.68548141 0.00000000 L H 0 -7.38597263 1.22242753 0.00000000 L C 0 -5.23533458 1.38094601 0.00000000 L H 0 -5.20203797 2.45044856 0.00000000 L C 0 -1.38094601 5.23533458 0.00000000 L H 0 -2.45044856 5.20203797 0.00000000 L C 0 -0.68548141 6.46048480 0.00000000 L H 0 -1.22242753 7.38597263 0.00000000 L C 0 0.68548141 6.46048480 0.00000000 L H 0 1.22242753 7.38597263 0.00000000 L C 0 1.38094601 5.23533458 0.00000000 L H 0 2.45044856 5.20203797 0.00000000 L Li 0 0.00000000 0.00000000 1.15363497 H Li 0 0.00000000 0.00000000 -1.15363497 H ------ gjf文件结束 （2）搞清楚了oniom的运行方式才能有针对性的修改 在这篇文章中J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1317-1324作者简明介绍了oniom的运行方式 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-8-14 at 09:21 ] |
8楼2009-08-14 09:11:32
  |
9楼2009-09-16 20:23:18
erylingjet
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 5.372
- 金币: 9933.4
- 散金: 752
- 红花: 2
- 帖子: 2248
- 在线: 241.5小时
- 虫号: 415302
- 注册: 2007-06-28
- 性别: GG
- 专业: 计算化学
10楼2009-09-17 10:13:03
5