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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » trr文件如何输出
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] trr文件如何输出

进行模拟的时候没有让输出trr文件，但是现在发现要用到那个文件，用什么样的命令可以得到这个文件呢，望指点
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1楼 2012-02-10 09:38:35
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-10 09:46:35:
你可要从新运行一遍把TRR文件输出。

要是你之前的模拟有输出 XTC 文件，读入XTC 文件也能看到类似的结果。

我的模拟感觉时间不是很充足，所以想延长一点时间，但是需要这个trr文件，难道说只能重新开始了吗这样的话？
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3楼2012-02-10 09:49:29
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-02-17 22:11:26
你可要从新运行一遍把TRR文件输出。

要是你之前的模拟有输出 XTC 文件，读入XTC 文件也能看到类似的结果。
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2楼2012-02-10 09:46:35
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖


蓝紫色玻璃心(金币+5): 2012-02-14 11:54:09
御剑江湖(模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-17 22:11:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝紫色玻璃心 at 2012-02-10 09:49:29:
我的模拟感觉时间不是很充足，所以想延长一点时间，但是需要这个trr文件，难道说只能重新开始了吗这样的话？

也就是说你想接着上一步的模拟，继续增加模拟时间，是这样吧？

如果你的初始MDP文件中设置的模拟时间就很长，没有算完，想继续往下算的话，直接读入前一个断点（.cpt文件）就行了 ，在的mdrun  命令中加入-cpi  就可以把最初始设置的模拟时间算完。这中情况不需要.trr文件。

如果你初的MDP文件中设置的模拟时间已经算完了，想继续模拟下去，就更简单了，把你上一步得到的.gro文件作为继续模拟的初始结构，就可以了啊。也不需要以前的.trr 文件，如果你以后需要的话，可以在继续模拟的MDP文件中让.trr 文件输出出来。
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蓝紫色玻璃心
4楼2012-02-10 09:58:38
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-02-10 09:58:38:
也就是说你想接着上一步的模拟，继续增加模拟时间，是这样吧？

如果你的初始MDP文件中设置的模拟时间就很长，没有算完，想继续往下算的话，直接读入前一个断点（.cpt文件）就行了 ，在的mdrun  命令中加入-cp ...

也就是说我只需要再写一个mdp文件，然后继续就行了？谢谢哈，嘿嘿，刚刚接触，很多不懂的
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5楼2012-02-10 10:45:17
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