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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Fortran » 如何从高斯输出文件快速提出 pai 轨道信息。
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kathy2008

木虫 (正式写手)

[求助] 如何从高斯输出文件快速提出 pai 轨道信息。

如题。从高斯输出文件提出了eigenvector那一部分出来，即附件1。现在需要得到 pai 轨道信息。即附件2。 附件2 对应于附件1的32号，35号，38号，39号，40号，41号轨道（占据轨道），42号一直到47号（非占据轨道）的2Px值。求一小程序。请指点。谢谢。
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1楼2011-06-17 19:54:10
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 很详细，待楼主评定后奖励程序强帖 2011-06-18 17:42:21
kathy2008(金币+10): 2011-06-19 13:00:43
微尘、梦想(程序强帖+1): 2011-06-19 17:04:28
大概这个样子。只是需要手工输入轨道号（这样可能灵活一些），每次输入一个轨道序号，回车，输入 0 则结束整个程序……
CODE:
program ei
real, dimension(:,:), allocatable :: px,ppx
character(len=256) :: line
character(len=40) :: fm
integer :: nrow, ncol, i, j, k, ios

open(unit=12, file='eigenvector.out', status='old')
open(unit=13, file='2px.out', status='new')

do
   read(12,'(a)', iostat=ios) line
   if (ios /= 0) exit
   if (index(line,'EIGENVALUES') /= 0) then
      nrow=0
      ncol=0
      do
         read(12,'(a)', iostat=ios) line
         if (ios /= 0) exit
         if (line(1:4) == '    ') exit
         ncol=ncol+1
         if (index(line, '2PX') /= 0) nrow=nrow+1
      end do
      exit
   end if
end do

!write (*,*) nrow, ncol
rewind (12)

allocate(px(nrow,ncol),ppx(nrow,ncol))

i=0
j=0
do
   read(12,'(a)', iostat=ios) line
   if (ios /= 0) exit
   if (i == nrow) then
       i=0
       j=j+n
   end if
   if (index(line, '2PX') /= 0) then
       line = line(21:)
!      write(*,*) trim(line)
       i=i+1
       n = len_trim(line)/10
       write(fm,'(a,i0,a)') '(', n, 'f10.5)'
!      write(*,*) j
       read(line,fm) px(i,(j+1):(j+n))
   end if
end do

k=0
do
   write(*,*) 'please input a number between 1 and ', nrow, 'end the program by 0.'
   read(*,*) i
   if(i==0) exit
   k=k+1
   ppx(:,k) = px(:,i)
end do

!write(*,*) k/5, mod(k,5)

if (k>=5) then
   do j=1,k/5
      do i=1,nrow
         write(13,'(5f10.5)') ppx(i,(j-1)*5+1:j*5)
      end do
      write(13,*)
   end do
end if
if (mod(k,5) /=0) then
   write(fm,'(a,i0,a)') '(', mod(k,5), 'f10.5)'
   do i=1,nrow
      write(13, fm) ppx(i,(k/5*5+1):k)
   end do
end if

end program ei
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2楼2011-06-18 16:41:08
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kathy2008

木虫 (正式写手)
★
dubo(金币+1): 欢迎常来程序语言版讨论 2011-07-31 13:36:05
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2011-06-18 16:41:08:
大概这个样子。只是需要手工输入轨道号（这样可能灵活一些），每次输入一个轨道序号，回车，输入 0 则结束整个程序……

[code]
program ei
real, dimension(:,, allocatable :: px,ppx
character(len=256 ...

利用该程序提取π轨道信息，报错。信息如下
At line 48 of file eigen-pai-nc3h7-r2.f
Fortran runtime error: Bad value during floating point read

google也没有找到应对之策，请高手指点。
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3楼2011-07-03 15:06:57
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
dubo(金币+1): 欢迎常来程序语言版讨论 2011-07-31 13:36:26
你的 .out 文件是咋生成的，这次的这个文件比上次的文件每一行前面多了一个空格……

所以，你把程序中：
CODE:
line = line(21:)

改成
CODE:
line = line(22:)

就可以了……
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4楼2011-07-03 22:28:17
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
dubo(金币+1): 欢迎常来程序语言版讨论 2011-07-31 13:36:35
这样可能更好一些：
CODE:
      program ei
      implicit none
      real, dimension(:,:), allocatable :: px,ppx
      character(len=256) :: line
      character(len=40) :: fm
      integer :: nrow, ncol, i, j, k, ios, n, m
      
      open(unit=12, file='nc3h7-r2-sto-eiv.out', status='old')
      open(unit=13, file='nc3h7-r2-sto-pai.out', status='new')
      
      do
         read(12,'(a)', iostat=ios) line
         if (ios /= 0) exit
         if (index(line,'Eigenvalues') /= 0) then
            nrow=0
            ncol=0
            do
               read(12,'(a)', iostat=ios) line
               if (ios /= 0) exit
               if (line(1:4) == '    ') exit
               ncol=ncol+1
               if (index(line, '2PZ') /= 0) nrow=nrow+1
            end do
            exit
         end if
      end do
      
      write (*,*) nrow, ncol
      rewind (12)
      
      allocate(px(nrow,ncol),ppx(nrow,ncol))
      
      i=0
      j=0
      do
         read(12,'(a)', iostat=ios) line
         if (ios /= 0) exit
         if (i == nrow) then
             i=0
             j=j+n
         end if
         if (index(line, '2PZ') /= 0) then
             line = line(21:)
!            write(*,*) trim(line)
             i=i+1
             n = len_trim(line)/10
             m = mod(len_trim(line),10)
!            write (*,*) m, n
             if (m /= 0) then
                write(fm,'(a,i0,a,i0,a)') '(tr',m,',',n,'f10.5)'
             else
                write(fm,'(a,i0,a)') '(',n,'f10.5)'
             end if
!            write (*,*) fm
!            write(*,*) j
             read(line,fm) ppx(i,(j+1):(j+n))
         end if
      end do
      
      k=0
      do
         write(*,*) 'please input a number between 1 and ',nrow,',
     & end the program by 0.'
         read(*,*) i
         if(i==0) exit
         k=k+1
         ppx(:,k) = px(:,i)
      end do
      
      !write(*,*) k/5, mod(k,5)
      
      if (k>=5) then
         do j=1,k/5
            do i=1,nrow
               write(13,'(5f10.5)') ppx(i,(j-1)*5+1:j*5)
            end do
            write(13,*)
         end do
      end if
      if (mod(k,5) /=0) then
         write(fm,'(a,i0,a)') '(', mod(k,5), 'f10.5)'
         do i=1,nrow
            write(13, fm) ppx(i,(k/5*5+1):k)
         end do
      end if
      
      end program ei
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5楼2011-07-03 22:59:20
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kathy2008

木虫 (正式写手)
★
dubo(金币+1): 欢迎常来程序语言版讨论 2011-07-31 13:36:56
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2011-07-03 22:28:17:
你的 .out 文件是咋生成的，这次的这个文件比上次的文件每一行前面多了一个空格……

所以，你把程序中：
CODE:
line = line(21:)

改成
CODE:
line = line(22:)

就可以了……

运行后报错信息如下:
*** glibc detected *** ./a.out: double free or corruption (out): 0x00000000079e2980 ***
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6[0x3e64871ce2]
/lib64/libc.so.6(cfree+0x8c)[0x3e6487590c]
./a.out[0x4012c5]
./a.out[0x4019de]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4)[0x3e6481d974]
./a.out[0x400a99]
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6楼2011-07-04 07:23:29
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
jjdg(金币+1): 感谢参与 2011-07-04 12:46:36
我才注意到，你把我在二楼给出的程序中的
CODE:
read(line,fm) px(i,(j+1):(j+n))

改成了
CODE:
read(line,fm) ppx(i,(j+1):(j+n))

害得我弄了半天才知道为啥出来的结果总是不对。
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7楼2011-07-04 09:48:55
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
jjdg(金币+2): 辛苦了 2011-07-04 12:46:22
另外，原程序中
CODE:
write(*,*) 'please input a number between 1 and ', nrow, 'end the program by 0.'

应该改为
CODE:
write(*,*) 'please input a number between 1 and ', ncol, 'end the program by 0.'
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8楼2011-07-04 09:50:20
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