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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] GMX运行出错

做药物分子和蛋白的相互作用时，输入命令：grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr时出错
Fatal error:
Group Protein_DRG not found in indexfile.
Maybe you have non-default goups in your mdp file, while not using the '-n' option of grompp.
In that case use the '-n' option.
请各位大侠帮忙
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坚持就是胜利
1楼 2012-12-20 17:03:19
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+5, ★有帮助 2012-12-21 18:28:28
太简单了提示都给的很清楚：
“Group Protein_DRG not found in indexfile.Maybe you have non-default goups in your mdp file, while not using the '-n' option of grompp.
In that case use the '-n' option.”

在你的mdp文件中有个group “Protein_DRG ”。但是你的index.ndx 文件里面没有这个group

多读手册
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2楼2012-12-20 20:15:39
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-20 20:15:39
太简单了提示都给的很清楚：
“Group Protein_DRG not found in indexfile.Maybe you have non-default goups in your mdp file, while not using the '-n' option of grompp.
In that case use the '-n' option. ...

我分组的时候明明分了Protein_DRG 这个组，但为什么还是这样，怎样修改？谢谢
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坚持就是胜利
3楼2012-12-21 08:43:58
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旺仔小馒头01

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 赞！ 解释的非常详细 2012-12-21 09:52:40
邓芳: 金币+5, ★有帮助 2012-12-21 18:28:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2012-12-21 08:43:58
我分组的时候明明分了Protein_DRG 这个组，但为什么还是这样，怎样修改？谢谢...

打开你的index.ndx 文件，仔细检查一下有没有名称为Protein_DRG的这个group。可能你分了，但没有命名为Protein_DRG。必须与mdp文件中的一致。如果没有的话，就用make_ndx创建一个，并命名为Protein_DRG。
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我也来这学习啦，希望大家多多指教。
4楼2012-12-21 09:32:09
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by 旺仔小馒头01 at 2012-12-21 09:32:09
打开你的index.ndx 文件，仔细检查一下有没有名称为Protein_DRG的这个group。可能你分了，但没有命名为Protein_DRG。必须与mdp文件中的一致。如果没有的话，就用make_ndx创建一个，并命名为Protein_DRG。...

怎样创建？怎么命名？谢谢
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坚持就是胜利
5楼2012-12-21 16:35:40
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旺仔小馒头01

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-21 20:16:05
引用回帖:
5楼: Originally posted by 邓芳 at 2012-12-21 16:35:40
怎样创建？怎么命名？谢谢...

我只能简略地说一下过程，具体细节建议你还是去看看GROMACS的manual中有关make_ndx的用法，使用时可以通过输入h查询命令帮助。
选择加完水和离子的.gro文件，假设为sys.gro
输入命令： make_ndx -f sys.gro
选择你的Protein_DRG所包含的原子组（假设得到的新编号为20）
再输入name 20 Protein_DRG
输入q
即可............
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我也来这学习啦，希望大家多多指教。
6楼2012-12-21 17:13:59
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
6楼: Originally posted by 旺仔小馒头01 at 2012-12-21 17:13:59
我只能简略地说一下过程，具体细节建议你还是去看看GROMACS的manual中有关make_ndx的用法，使用时可以通过输入h查询命令帮助。
选择加完水和离子的.gro文件，假设为sys.gro
输入命令： make_ndx -f sys.gro
选择 ...

已解决，没用楼主的方法，重做了一遍，就好了，谢谢
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坚持就是胜利
7楼2012-12-21 18:28:02
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青青白白123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-20 20:15:39
太简单了提示都给的很清楚：
“Group Protein_DRG not found in indexfile.Maybe you have non-default goups in your mdp file, while not using the '-n' option of grompp.
In that case use the '-n' option. ...

您好，我也出现了那个问题，可是我没有index.ndx文件啊，为啥还会出错？
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8楼2018-03-29 19:31:11
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