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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 环状肽链如何构建拓扑文件
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29050801

新虫 (小有名气)

[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢？
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1楼 2013-10-17 09:00:35
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
29050801: 金币+8, ★有帮助, 谢谢 2013-10-19 14:30:00
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构
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2楼2013-10-19 14:07:18
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 14:07:18
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构

好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么？
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3楼2013-10-19 14:32:06
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yaozhq

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么？...

能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡
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4楼2013-10-22 09:49:47
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-22 09:49:47
能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡...

现在力场参数文件当中有一些新的二面角和角度的参数提示没有
对于他们的数值
应该怎么给定呢？
昨天随便复制了一个二面角和角度的数值
能量优化之后，分子变形特别严重
RMSD也是上升趋势
请问，这样的情况怎么处理呢？
谢谢！
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5楼2013-10-22 19:15:45
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:46:58
引用回帖:
5楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-22 19:15:45
现在力场参数文件当中有一些新的二面角和角度的参数提示没有
对于他们的数值
应该怎么给定呢？
昨天随便复制了一个二面角和角度的数值
能量优化之后，分子变形特别严重
RMSD也是上升趋势
请问，这样的情况怎 ...

肯定不能随便给了 不过你这都是天然多肽么？怎么会没参数？
如果不是的话 那需要去补上这些参数 比较烦 用amber做这种会方便些
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6楼2013-10-25 10:26:56
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-25 10:26:56
肯定不能随便给了 不过你这都是天然多肽么？怎么会没参数？
如果不是的话 那需要去补上这些参数 比较烦 用amber做这种会方便些...

不是天然肽
是环糊精，通过糖分子连接起来的。现在就是缺少糖与糖之间C1-O-C4的键参数
现在用的是chrmm立场，我也想换了。我师兄说别的立场里没有糖分子的参数
加你一我用charmm修改
请问修改的话，应该怎么计算呢？
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7楼2013-10-25 16:37:56
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小兵ai石头

铜虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:47:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么？...

楼主你好。
我也是用CHARMM力场做环糊精，和楼主遇到同样的问题，想知道楼主是怎么解决的
我在拓扑文件中构建了葡萄糖单体的残基，用 PRES AL14 添加了连接的补丁后，只能将残基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6  6和7 连接起来，但是7和1没有连起来，请问怎么解决啊？
期待得到回复！

贴上连接部分的拓扑文件：

PRES    AL14      0.00      !
                                    ! 1 refers to previous (O4 terminal)
                                    ! 2 refers to next (C1 terminal)
BOND  1O4   2C1
ANGLE 2O5  2C1  1O4
ANGLE 2C1  1O4  1C4
DIHE  2C5  2O5  2C1  1O4
DIHE  2O5  2C1  1O4  1C4   
DIHE  2C1  1O4  1C4  1C3
IC  2C5   2O5   2C1   1O4    0.0000    0.00   60.0     0.00   0.0000
IC  2O5   2C1   1O4   1C4    0.0000    0.00  120.0     0.00   0.0000
IC  2C1   1O4   1C4   1C3    0.0000    0.00  120.0     0.00   0.0000
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8楼2014-04-17 12:18:18
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29050801

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-04-19 14:34:45
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小兵ai石头 at 2014-04-17 12:18:18
楼主你好。
我也是用CHARMM力场做环糊精，和楼主遇到同样的问题，想知道楼主是怎么解决的
我在拓扑文件中构建了葡萄糖单体的残基，用 PRES AL14 添加了连接的补丁后，只能将残基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6  6和7  ...

你这一问问得我也有点懵了
当时做了连接起来了
但是力场一直没弄好

后来又继续做的结构优化

还好当时连接起来之后写了下来
你可以看一下是不是一样的问题
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102ee1v.html

力场我还没弄好的
有什么好的建议欢迎互相交流
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9楼2014-04-18 08:34:23
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Darren0220

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 29050801 at 2014-04-18 08:34:23
你这一问问得我也有点懵了
当时做了连接起来了
但是力场一直没弄好

后来又继续做的结构优化

还好当时连接起来之后写了下来
你可以看一下是不是一样的问题
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102e ...

请问你们连接是怎么连接的呀，我想做的是谷氨酸的侧链和链N末端形成一个肽键，我看一个回答是先在charmm 蛋白top中定义新的氨基酸，你们是这样操作的吗？
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10楼2017-12-28 14:37:26
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