24小时热门版块排行榜    

查看: 2063  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

29050801

新虫 (小有名气)

[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢?
回复此楼
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

29050801

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-22 09:49:47
能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡...

现在力场参数文件当中有一些新的二面角和角度的参数提示没有
对于他们的数值
应该怎么给定呢?
昨天随便复制了一个二面角和角度的数值
能量优化之后,分子变形特别严重
RMSD也是上升趋势
请问,这样的情况怎么处理呢?
谢谢!
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
5楼2013-10-22 19:15:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
29050801: 金币+8, 有帮助, 谢谢 2013-10-19 14:30:00
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构
2楼2013-10-19 14:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

29050801

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 14:07:18
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构

好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
3楼2013-10-19 14:32:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?...

能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡
4楼2013-10-22 09:49:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见