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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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29050801

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢?
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yaozhq

实习版主

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-17 18:46:58
引用回帖:
5楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-22 19:15:45
现在力场参数文件当中有一些新的二面角和角度的参数提示没有
对于他们的数值
应该怎么给定呢?
昨天随便复制了一个二面角和角度的数值
能量优化之后,分子变形特别严重
RMSD也是上升趋势
请问,这样的情况怎 ...

肯定不能随便给了 不过你这都是天然多肽么?怎么会没参数?
如果不是的话 那需要去补上这些参数 比较烦 用amber做这种会方便些
6楼2013-10-25 10:26:56
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yaozhq

专家顾问

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
29050801: 金币+8, 有帮助, 谢谢 2013-10-19 14:30:00
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构
2楼2013-10-19 14:07:18
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29050801

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 14:07:18
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构

好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?
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3楼2013-10-19 14:32:06
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yaozhq

实习版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?...

能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡
4楼2013-10-22 09:49:47
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