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29050801

新虫 (小有名气)

[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢?
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29050801

新虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果! 2014-04-19 14:34:45
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小兵ai石头 at 2014-04-17 12:18:18
楼主你好。
我也是用CHARMM力场做环糊精,和楼主遇到同样的问题,想知道楼主是怎么解决的
我在拓扑文件中构建了葡萄糖单体的残基,用 PRES AL14 添加了连接的补丁后,只能将残基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6  6和7  ...

你这一问问得我也有点懵了
当时做了连接起来了
但是力场一直没弄好

后来又继续做的结构优化

还好当时连接起来之后写了下来
你可以看一下是不是一样的问题
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102ee1v.html

力场我还没弄好的
有什么好的建议欢迎互相交流
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9楼2014-04-18 08:34:23
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
29050801: 金币+8, 有帮助, 谢谢 2013-10-19 14:30:00
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构
2楼2013-10-19 14:07:18
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29050801

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 14:07:18
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构

好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
3楼2013-10-19 14:32:06
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yaozhq

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?...

能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡
4楼2013-10-22 09:49:47
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