应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 环状肽链如何构建拓扑文件
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2227  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

29050801

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢？
回复此楼

» 猜你喜欢
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
1楼 2013-10-17 09:00:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

29050801

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-04-19 14:34:45
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小兵ai石头 at 2014-04-17 12:18:18
楼主你好。
我也是用CHARMM力场做环糊精，和楼主遇到同样的问题，想知道楼主是怎么解决的
我在拓扑文件中构建了葡萄糖单体的残基，用 PRES AL14 添加了连接的补丁后，只能将残基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6  6和7  ...

你这一问问得我也有点懵了
当时做了连接起来了
但是力场一直没弄好

后来又继续做的结构优化

还好当时连接起来之后写了下来
你可以看一下是不是一样的问题
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102ee1v.html

力场我还没弄好的
有什么好的建议欢迎互相交流
赞一下 回复此楼
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
9楼2014-04-18 08:34:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

yaozhq

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
29050801: 金币+8, ★有帮助, 谢谢 2013-10-19 14:30:00
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-19 14:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

29050801

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 14:07:18
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构

好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么？
赞一下 回复此楼
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
3楼2013-10-19 14:32:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么？...

能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡
赞一下 回复此楼
4楼2013-10-22 09:49:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 各位老师好，我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕 +12 Koxui 2026-03-28 12/600 2026-03-31 23:17 by wwytracy
[电化学] 070300化学调剂 +7 山顶见α 2026-03-25 7/350 2026-03-31 22:21 by piaoyi415
[考研] 调剂推荐 +7 清酒714 2026-03-26 8/400 2026-03-31 22:12 by 544594351
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +18 洛神哥哥 2026-03-31 18/900 2026-03-31 21:55 by haohaichenji
[考研] 286分调剂 +11 Faune 2026-03-30 13/650 2026-03-31 17:28 by michael2011
[考研] 理学07化学 303求调剂 +8 睿08 2026-03-27 8/400 2026-03-31 16:31 by 690616278
[考研] 一志愿211，335分，0856，求调剂院校和导师 +10 倾____萧 2026-03-27 11/550 2026-03-31 14:32 by fmesaito
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
[考研] 0856调剂 +6 曲听筠 2026-03-30 6/300 2026-03-31 09:44 by Jaylen.
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +9 @taotao 2026-03-29 9/450 2026-03-30 22:29 by 我是小康
[考研] 生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338 +7 YYYYYNNNNN 2026-03-26 9/450 2026-03-30 20:29 by YYYYYNNNNN
[考研] 289求调剂 +16 新时代材料 2026-03-27 16/800 2026-03-30 19:04 by Wang200018
[考研] 085602 化学工程专硕 340分求调剂 +4 qianbai11 2026-03-29 4/200 2026-03-30 11:34 by 唐沐儿
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 279求调剂 +4 蝶舞轻绕 2026-03-29 4/200 2026-03-29 09:45 by laoshidan
[考研] 调剂考研 +3 王杰一 2026-03-29 3/150 2026-03-29 08:09 by fmesaito
[考研] 本科新能源科学与工程，一志愿华理能动285求调剂 +7 AZMK 2026-03-28 11/550 2026-03-28 21:01 by xxxsssccc
[考研] 265求调剂11408 +3 刘小鹿lu 2026-03-27 3/150 2026-03-27 20:53 by nihaoar
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
[考研] 【2026考研调剂】制药工程 284分 求相关专业调剂名额 +4 袁奂奂 2026-03-25 8/400 2026-03-25 14:32 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭