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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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29050801

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢？
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1楼 2013-10-17 09:00:35
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小兵ai石头

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:47:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么？...

楼主你好。
我也是用CHARMM力场做环糊精，和楼主遇到同样的问题，想知道楼主是怎么解决的
我在拓扑文件中构建了葡萄糖单体的残基，用 PRES AL14 添加了连接的补丁后，只能将残基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6  6和7 连接起来，但是7和1没有连起来，请问怎么解决啊？
期待得到回复！

贴上连接部分的拓扑文件：

PRES    AL14      0.00      !
                                    ! 1 refers to previous (O4 terminal)
                                    ! 2 refers to next (C1 terminal)
BOND  1O4   2C1
ANGLE 2O5  2C1  1O4
ANGLE 2C1  1O4  1C4
DIHE  2C5  2O5  2C1  1O4
DIHE  2O5  2C1  1O4  1C4   
DIHE  2C1  1O4  1C4  1C3
IC  2C5   2O5   2C1   1O4    0.0000    0.00   60.0     0.00   0.0000
IC  2O5   2C1   1O4   1C4    0.0000    0.00  120.0     0.00   0.0000
IC  2C1   1O4   1C4   1C3    0.0000    0.00  120.0     0.00   0.0000
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8楼2014-04-17 12:18:18
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yaozhq

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
29050801: 金币+8, ★有帮助, 谢谢 2013-10-19 14:30:00
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构
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2楼2013-10-19 14:07:18
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29050801

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 14:07:18
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构

好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么？
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个人主页http://cnrdn.com/pXg5
3楼2013-10-19 14:32:06
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yaozhq

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么？...

能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡
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4楼2013-10-22 09:49:47
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