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29050801新虫 (小有名气)
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[求助]
环状肽链如何构建拓扑文件
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请问各位 在修改charmm的拓扑结构的时候 怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢？ |
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:47:05
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:47:05
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楼主你好。 我也是用CHARMM力场做环糊精，和楼主遇到同样的问题，想知道楼主是怎么解决的 我在拓扑文件中构建了葡萄糖单体的残基，用 PRES AL14 添加了连接的补丁后，只能将残基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6 6和7 连接起来，但是7和1没有连起来，请问怎么解决啊？ 期待得到回复！ 贴上连接部分的拓扑文件： PRES AL14 0.00 ! ! 1 refers to previous (O4 terminal) ! 2 refers to next (C1 terminal) BOND 1O4 2C1 ANGLE 2O5 2C1 1O4 ANGLE 2C1 1O4 1C4 DIHE 2C5 2O5 2C1 1O4 DIHE 2O5 2C1 1O4 1C4 DIHE 2C1 1O4 1C4 1C3 IC 2C5 2O5 2C1 1O4 0.0000 0.00 60.0 0.00 0.0000 IC 2O5 2C1 1O4 1C4 0.0000 0.00 120.0 0.00 0.0000 IC 2C1 1O4 1C4 1C3 0.0000 0.00 120.0 0.00 0.0000 |
8楼2014-04-17 12:18:18
yaozhq
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4楼2013-10-22 09:49:47
