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29050801

新虫 (小有名气)

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专业: 生物化学

[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢？

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1楼 2013-10-17 09:00:35

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

小兵ai石头

铜虫 (初入文坛)

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★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:47:05

引用回帖:

3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么？...

楼主你好。
我也是用CHARMM力场做环糊精，和楼主遇到同样的问题，想知道楼主是怎么解决的
我在拓扑文件中构建了葡萄糖单体的残基，用 PRES AL14 添加了连接的补丁后，只能将残基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6  6和7 连接起来，但是7和1没有连起来，请问怎么解决啊？
期待得到回复！

贴上连接部分的拓扑文件：

PRES AL14    0.00    !
                                 ! 1 refers to previous (O4 terminal)
                                 ! 2 refers to next (C1 terminal)
BOND  1O4 2C1
ANGLE 2O5  2C1  1O4
ANGLE 2C1  1O4  1C4
DIHE  2C5  2O5  2C1  1O4
DIHE  2O5  2C1  1O4  1C4
DIHE  2C1  1O4  1C4  1C3
IC  2C5 2O5 2C1 1O4 0.0000 0.00 60.0    0.00 0.0000
IC  2O5 2C1 1O4 1C4 0.0000 0.00  120.0    0.00 0.0000
IC  2C1 1O4 1C4 1C3 0.0000 0.00  120.0    0.00 0.0000