| 查看: 2089 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
29050801新虫 (小有名气)
|
[求助]
环状肽链如何构建拓扑文件
|
||
|
请问各位 在修改charmm的拓扑结构的时候 怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
拟解决的关键科学问题还要不要写
已经有9人回复
-
救命帖
已经有4人回复
-
限项规定
已经有5人回复
-
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有9人回复
-
招博士
已经有3人回复
-
存款400万可以在学校里躺平吗
已经有35人回复
-
最失望的一年
已经有18人回复
-
求推荐博导
已经有4人回复
-
求助一下有机合成大神
已经有4人回复
-
求推荐英文EI期刊
已经有5人回复
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:47:05
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:47:05
|
楼主你好。 我也是用CHARMM力场做环糊精，和楼主遇到同样的问题，想知道楼主是怎么解决的 我在拓扑文件中构建了葡萄糖单体的残基，用 PRES AL14 添加了连接的补丁后，只能将残基1和2 2和3 3和4 4和5 5和6 6和7 连接起来，但是7和1没有连起来，请问怎么解决啊？ 期待得到回复！ 贴上连接部分的拓扑文件： PRES AL14 0.00 ! ! 1 refers to previous (O4 terminal) ! 2 refers to next (C1 terminal) BOND 1O4 2C1 ANGLE 2O5 2C1 1O4 ANGLE 2C1 1O4 1C4 DIHE 2C5 2O5 2C1 1O4 DIHE 2O5 2C1 1O4 1C4 DIHE 2C1 1O4 1C4 1C3 IC 2C5 2O5 2C1 1O4 0.0000 0.00 60.0 0.00 0.0000 IC 2O5 2C1 1O4 1C4 0.0000 0.00 120.0 0.00 0.0000 IC 2C1 1O4 1C4 1C3 0.0000 0.00 120.0 0.00 0.0000 |
8楼2014-04-17 12:18:18
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2013-10-19 14:07:18
29050801
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1065.5
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 163
- 在线: 78.4小时
- 虫号: 1765116
- 注册: 2012-04-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2013-10-19 14:32:06
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2013-10-22 09:49:47