24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2235  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

29050801

超级版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

个人主页http://cnrdn.com/pXg5
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Darren0220

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
9楼: Originally posted by 29050801 at 2014-04-18 08:34:23
你这一问问得我也有点懵了
当时做了连接起来了
但是力场一直没弄好

后来又继续做的结构优化

还好当时连接起来之后写了下来
你可以看一下是不是一样的问题
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102e ...

请问你们连接是怎么连接的呀,我想做的是谷氨酸的侧链和链N末端形成一个肽键,我看一个回答是先在charmm 蛋白top中定义新的氨基酸,你们是这样操作的吗?
10楼2017-12-28 14:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

yaozhq

管理员

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
29050801: 金币+8, 有帮助, 谢谢 2013-10-19 14:30:00
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构
2楼2013-10-19 14:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

29050801

管理员

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 14:07:18
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构

好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
3楼2013-10-19 14:32:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?...

能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡
4楼2013-10-22 09:49:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂:085600材料与化工,考材科基,总分319 +17 678lucky 2026-03-31 21/1050 2026-04-01 01:40 by 1018329917
[考研] 294分080500材料科学与工程求调剂 +12 柳溪边 2026-03-26 13/650 2026-04-01 01:37 by 1018329917
[考研] 0805求调剂 +5 是水分 2026-03-31 5/250 2026-03-31 20:48 by yuq
[考研] 材料调剂 +9 Eujd1 2026-03-31 10/500 2026-03-31 18:41 by JourneyLucky
[考研] 086000调剂 +5 7901117076 2026-03-26 5/250 2026-03-31 17:45 by 544594351
[考研] 330分求调剂 +6 qzenlc 2026-03-29 6/300 2026-03-31 16:44 by Wang200018
[考研] 085600 295分求调剂 +13 W55j 2026-03-30 15/750 2026-03-31 13:29 by 王亮_大连医科大
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突, 2026-03-31 5/250 2026-03-31 11:29 by 北风之神.
[有机交流] 甲基亚磺磺酸钠和甲基磺酸酯反应机理 10+3 kaobao456 2026-03-29 4/200 2026-03-30 23:16 by nBu锂
[考研] 327求调剂 +5 小卡不卡. 2026-03-29 5/250 2026-03-30 19:30 by Wang200018
[考研] 085601材料工程找调剂 +17 oatmealR 2026-03-29 18/900 2026-03-30 19:21 by Wang200018
[考研] 085600,材料与化工321分求调剂 +10 大馋小子 2026-03-28 10/500 2026-03-29 23:35 by 飞行日记西
[考研] 求调剂 +4 QiMing7 2026-03-25 5/250 2026-03-29 21:10 by 唐沐儿
[考研] 求调剂 +7 争取九点睡 2026-03-28 8/400 2026-03-28 21:07 by 争取九点睡
[考研] 085701环境工程,267求调剂 +16 minht 2026-03-26 16/800 2026-03-28 12:16 by zllcz
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 330一志愿中国海洋大学 化学工程 085602 有读博意愿 求调剂 +3 wywy.. 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:32 by fmesaito
[考研] 070300化学求调剂 +4 起个名咋这么难 2026-03-27 4/200 2026-03-27 21:39 by 83503孙老师
[考研] 272求调剂 +7 脚滑的守法公民 2026-03-27 7/350 2026-03-27 17:23 by laoshidan
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
信息提示
请填处理意见