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29050801

新虫 (小有名气)

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[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢？

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1楼 2013-10-17 09:00:35

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

Darren0220

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

9楼: Originally posted by 29050801 at 2014-04-18 08:34:23
你这一问问得我也有点懵了
当时做了连接起来了
但是力场一直没弄好

后来又继续做的结构优化

还好当时连接起来之后写了下来
你可以看一下是不是一样的问题
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102e ...

请问你们连接是怎么连接的呀，我想做的是谷氨酸的侧链和链N末端形成一个肽键，我看一个回答是先在charmm 蛋白top中定义新的氨基酸，你们是这样操作的吗？