24小时热门版块排行榜    

查看: 2064  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

29050801

新虫 (小有名气)

[求助] 环状肽链如何构建拓扑文件

请问各位
在修改charmm的拓扑结构的时候
怎么样才能形成一个首尾连接的环状结构呢?
回复此楼
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Darren0220

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 29050801 at 2014-04-18 08:34:23
你这一问问得我也有点懵了
当时做了连接起来了
但是力场一直没弄好

后来又继续做的结构优化

还好当时连接起来之后写了下来
你可以看一下是不是一样的问题
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6264e0aa0102e ...

请问你们连接是怎么连接的呀,我想做的是谷氨酸的侧链和链N末端形成一个肽键,我看一个回答是先在charmm 蛋白top中定义新的氨基酸,你们是这样操作的吗?
10楼2017-12-28 14:37:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
29050801: 金币+8, 有帮助, 谢谢 2013-10-19 14:30:00
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构
2楼2013-10-19 14:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

29050801

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 14:07:18
可以先画一个直链的 最后把尾巴连接起来 做一个能量优化 它就拉过去了 然后去做进一步的md来优化结构

好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
3楼2013-10-19 14:32:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 29050801 at 2013-10-19 14:32:06
好的
现在已经连接起来了
请问能量优化和namd的平衡过程有关系么?...

能量优化是对一个静态结构的优化 只是在现有条件下的微调
动力学会在平衡后取得更大范围的调整和平衡
4楼2013-10-22 09:49:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见