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zcsxnb99

新虫 (初入文坛)

[交流] 使用gromacs

各位好,我是做晶体生长的,往盒子中添加溶质分子,溶质与水的分子数比为1:3.3,但是要充满整个盒子,盒子大小为10*10*10纳米,加入溶质分子在3000左右,才能天价水分子10000充满整个盒子,但是使用gmx insert-molecules 指令显示内存不够,添加不了,怎么使用其他办法,第二张图是用ms软件复制添加进盒子里,但是后续显示结构不合理,跑不了平衡,有其他方法吗

使用gromacs


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zcsxnb99

新虫 (初入文坛)

2楼2017-03-13 11:32:30
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zcsxnb99

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zcsxnb99 at 2017-03-13 11:32:30

求助

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3楼2017-03-13 12:32:57
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zcsxnb99

新虫 (初入文坛)

4楼2017-03-13 12:33:12
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
软件安装编译有问题?
5楼2017-03-14 11:13:20
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XYwinne

金虫 (小有名气)

6楼2017-03-15 00:27:01
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Cyantulip

金虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我的建议是先用gmx editconf给溶质定义一个模拟盒子,然后再用gmx solvate加入溶剂。至于溶质溶剂数量比例,可以用solvate模块里的-maxsol来控制。
7楼2017-03-15 08:56:29
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虔诚的人

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
水分子插入盒子中可以用 gmx insert-molecules 也可以用 gmx solvate
参见:http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Mixed_Solvents
学如逆水行舟,不进则退
8楼2018-03-05 11:31:48
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