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zcsxnb99

新虫 (初入文坛)

[交流] 使用gromacs

各位好，我是做晶体生长的，往盒子中添加溶质分子，溶质与水的分子数比为1:3.3，但是要充满整个盒子，盒子大小为10*10*10纳米，加入溶质分子在3000左右，才能天价水分子10000充满整个盒子，但是使用gmx insert-molecules 指令显示内存不够，添加不了，怎么使用其他办法，第二张图是用ms软件复制添加进盒子里，但是后续显示结构不合理，跑不了平衡，有其他方法吗

使用gromacs


使用gromacs-1


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1楼 2017-03-13 11:29:44
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zcsxnb99

新虫 (初入文坛)
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2楼2017-03-13 11:32:30
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zcsxnb99

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zcsxnb99 at 2017-03-13 11:32:30
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求助

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3楼2017-03-13 12:32:57
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zcsxnb99

新虫 (初入文坛)
求助

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4楼2017-03-13 12:33:12
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lyl453433939

金虫 (正式写手)

高性能设备软硬件集成商
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
软件安装编译有问题？
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5楼2017-03-14 11:13:20
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XYwinne

金虫 (小有名气)
用packmol

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6楼2017-03-15 00:27:01
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Cyantulip

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我的建议是先用gmx editconf给溶质定义一个模拟盒子，然后再用gmx solvate加入溶剂。至于溶质溶剂数量比例，可以用solvate模块里的-maxsol来控制。
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7楼2017-03-15 08:56:29
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虔诚的人

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
水分子插入盒子中可以用 gmx insert-molecules 也可以用 gmx solvate
参见：http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Mixed_Solvents
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学如逆水行舟，不进则退
8楼2018-03-05 11:31:48
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