| 查看: 1236 | 回复: 3 | ||
[求助]
并行版的gromacs安装
|
|
我的gromacs是4.6.6-1版本的，单机版的ubuntu软件中心有，我直接安装了。可是并行版的gromacs要手动编译。我是按照下面的方法弄的。 下面将安装并行版的Gromacs. （1）准备工作 a.安装gcc: sudo apt-get install gcc (这一步可以省略，一般ubuntu是包含gcc的，如果你的机子没有，请按此安装） b.安装g++: sudo apt-get install g++ c. 安装gfortran: sudo apt-get install fort77。 (以上三个软件是为了安装下面的lam-mpi) d. 安装lam-mpi: 下载：wget http://www.lam-mpi.org/download/files/lam-7.1.4.tar.bz2 解压：tar xvjf lam-7.1.4.tar.bz2 安装： cd lam-7.1.4 ./configure make make install 至此，安装并行版Gromacs的准备工作已完成。返回gromacs的解压目录： cd ../gromacs-xxx (2) 安装并行版Gromacs make clean ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi make mdrun （因为只有mdrun需要并行，所以，之需要make mdrun) sudo make install-mdrun. 安装并行版Gromacs的准备工作已完成。开始第（2）步之前，它说“要返回gromacs解压目录”，我不知道gromacs解压在哪里，因为单机版的gromacs是系统自己就有的。求大神指点，我刚接触，所以一窍不通。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- ubuntu安装编译器的问题
已经有4人回复
- 新老版本gcc共存，如何设置让GROMACS调用新版gcc？
已经有7人回复
- abinit软件安装步骤（亲测）
已经有16人回复
- 新手求教：怎么在GROMACS下实现并行计算？怎么看用了几个CPU？
已经有4人回复
- ubuntu运行vasp5.3.3出错
已经有6人回复
- gromacs编译安装
已经有11人回复
- gromacs NEMD模拟
已经有12人回复
- mpirun并行运行问题
已经有3人回复
- Gromacs 4.5.5安装记录
已经有5人回复
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- gromacs 中mdrun命令
已经有3人回复
- gromacs 4.5.4并行安装
已经有8人回复
- [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令
已经有9人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【讨论】gromacs 并行 mpirun
已经有4人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【ghcacj个人文集】单机环境下安装openmpi使用Orca并行运算的方法介绍
已经有12人回复
 |
2楼2015-01-19 10:59:21
3楼2017-11-09 09:20:16
4楼2017-11-09 09:21:47
