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gunther

金虫 (初入文坛)

[求助] ubuntu运行vasp5.3.3出错

大家好,我的系统是64位ubuntu,cpu是i5-3470(四核四线程),内存8G,安装的是并行的vasp5.3.3,低精度可以正常计算,但是高精度时vasp运行十秒左右的时候就被ubuntu杀了,这时候内存总占用是30%多一点。我的INCAR如下:
PREC = Accurate
ENCUT = 900
KGAMA = T
KSPACING = 0.5
EDIFF = 1e-5
IBRION = 2
ISIF = 3
NSW = 80
ISMEAR = 0 ; SIGMA = 0.05
POTIM = 0.05
LWAVE = FALSE
LCHARG = FALSE
PSTRESS = 500
EDIFFG = 1e-4
NPAR = 2
NCOR = 2
输出文件里这样提示错误:
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 3 in job 17  ubuntu_46776   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: killed by signal 9
rank 1 in job 17  ubuntu_46776   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 9
师兄说这可能是内存溢出导致的,他让我执行如下命令:
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -t unlimited
ulimit -v unlimited
ulimit -s unlimited
但是还是不好使,哪位大神帮忙指教一下哈?
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null
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-12-13 10:16:59
你算的什么体系啊,多少原子,ENCUT = 900不用这么夸张吧!
ENCUT减一半试试吧
2楼2013-12-10 10:59:55
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gunther

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-12-10 10:59:55
你算的什么体系啊,多少原子,ENCUT = 900不用这么夸张吧!
ENCUT减一半试试吧

赝势里面enmax=500,但是我想让能量收敛,所以选900,我用700算没有问题,但是用900就出错,而且内存总共才用了30%左右,我换了另外一个结构就可以算了,我那个算不了的结构的特征是abc夹角很小。
null
3楼2013-12-10 16:21:48
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chuanghua304

禁虫 (职业作家)

★
感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 系诶些交流 2013-12-13 10:17:10
本帖内容被屏蔽

4楼2013-12-10 18:52:25
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gunther

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chuanghua304 at 2013-12-10 18:52:25
估计是内存溢出了。加大截断能后需要的内存增加不少呢。700能算,900不能算肯定是内存的问题。你只要不算应力 声子等性质没必要去这么大的截断能,即使算力和声子700左右就够了。

但是我看那个任务的内存占用量,总共还不到30%,不像是内存溢出,这个截断能是我测出来的,认为能量收敛到1meV/atom为合理。
null
5楼2013-12-10 19:04:15
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chuanghua304

禁虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-12-13 10:17:20
gunther: 金币+8, ★★★很有帮助, 谢谢热心回复 2013-12-14 18:29:25
本帖内容被屏蔽

6楼2013-12-11 09:14:38
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gunther

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by chuanghua304 at 2013-12-11 09:14:38
你看到占用内存跟实际上学要的内存不一定相符。另外“NPAR = 2 NCOR = 2”这两个参数有默认的可以省点内存,但是估计也是杯水车薪。如果你确实测试出来需要这么大的截断能,建议你换更软的赝势。

可能是那个结构有问题,结构的特征是abc夹角很小,我换了另外一个结构,用高精度计算,内存占到80%都没有问题。
null
7楼2013-12-12 08:36:15
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