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gunther

金虫 (初入文坛)

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[求助] ubuntu运行vasp5.3.3出错

大家好，我的系统是64位ubuntu，cpu是i5-3470（四核四线程），内存8G，安装的是并行的vasp5.3.3，低精度可以正常计算，但是高精度时vasp运行十秒左右的时候就被ubuntu杀了，这时候内存总占用是30%多一点。我的INCAR如下：
PREC = Accurate
ENCUT = 900
KGAMA = T
KSPACING = 0.5
EDIFF = 1e-5
IBRION = 2
ISIF = 3
NSW = 80
ISMEAR = 0 ; SIGMA = 0.05
POTIM = 0.05
LWAVE = FALSE
LCHARG = FALSE
PSTRESS = 500
EDIFFG = 1e-4
NPAR = 2
NCOR = 2
输出文件里这样提示错误：
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
rank 3 in job 17  ubuntu_46776 caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: killed by signal 9
rank 1 in job 17  ubuntu_46776 caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 9
师兄说这可能是内存溢出导致的，他让我执行如下命令：
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -t unlimited
ulimit -v unlimited
ulimit -s unlimited
但是还是不好使，哪位大神帮忙指教一下哈？

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1楼 2013-12-10 10:17:36

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gunther

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引用回帖:

4楼: Originally posted by chuanghua304 at 2013-12-10 18:52:25
估计是内存溢出了。加大截断能后需要的内存增加不少呢。700能算，900不能算肯定是内存的问题。你只要不算应力声子等性质没必要去这么大的截断能，即使算力和声子700左右就够了。

但是我看那个任务的内存占用量，总共还不到30%，不像是内存溢出，这个截断能是我测出来的，认为能量收敛到1meV/atom为合理。