24小时热门版块排行榜    

查看: 1651  |  回复: 6

gunther

金虫 (初入文坛)

[求助] ubuntu运行vasp5.3.3出错

大家好,我的系统是64位ubuntu,cpu是i5-3470(四核四线程),内存8G,安装的是并行的vasp5.3.3,低精度可以正常计算,但是高精度时vasp运行十秒左右的时候就被ubuntu杀了,这时候内存总占用是30%多一点。我的INCAR如下:
PREC = Accurate
ENCUT = 900
KGAMA = T
KSPACING = 0.5
EDIFF = 1e-5
IBRION = 2
ISIF = 3
NSW = 80
ISMEAR = 0 ; SIGMA = 0.05
POTIM = 0.05
LWAVE = FALSE
LCHARG = FALSE
PSTRESS = 500
EDIFFG = 1e-4
NPAR = 2
NCOR = 2
输出文件里这样提示错误:
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 3 in job 17  ubuntu_46776   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: killed by signal 9
rank 1 in job 17  ubuntu_46776   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 9
师兄说这可能是内存溢出导致的,他让我执行如下命令:
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -t unlimited
ulimit -v unlimited
ulimit -s unlimited
但是还是不好使,哪位大神帮忙指教一下哈?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

null
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-12-13 10:16:59
你算的什么体系啊,多少原子,ENCUT = 900不用这么夸张吧!
ENCUT减一半试试吧
2楼2013-12-10 10:59:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gunther

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-12-10 10:59:55
你算的什么体系啊,多少原子,ENCUT = 900不用这么夸张吧!
ENCUT减一半试试吧

赝势里面enmax=500,但是我想让能量收敛,所以选900,我用700算没有问题,但是用900就出错,而且内存总共才用了30%左右,我换了另外一个结构就可以算了,我那个算不了的结构的特征是abc夹角很小。
null
3楼2013-12-10 16:21:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuanghua304

禁虫 (职业作家)


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 系诶些交流 2013-12-13 10:17:10
本帖内容被屏蔽

4楼2013-12-10 18:52:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gunther

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chuanghua304 at 2013-12-10 18:52:25
估计是内存溢出了。加大截断能后需要的内存增加不少呢。700能算,900不能算肯定是内存的问题。你只要不算应力 声子等性质没必要去这么大的截断能,即使算力和声子700左右就够了。

但是我看那个任务的内存占用量,总共还不到30%,不像是内存溢出,这个截断能是我测出来的,认为能量收敛到1meV/atom为合理。
null
5楼2013-12-10 19:04:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuanghua304

禁虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-12-13 10:17:20
gunther: 金币+8, ★★★很有帮助, 谢谢热心回复 2013-12-14 18:29:25
本帖内容被屏蔽

6楼2013-12-11 09:14:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gunther

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by chuanghua304 at 2013-12-11 09:14:38
你看到占用内存跟实际上学要的内存不一定相符。另外“NPAR = 2 NCOR = 2”这两个参数有默认的可以省点内存,但是估计也是杯水车薪。如果你确实测试出来需要这么大的截断能,建议你换更软的赝势。

可能是那个结构有问题,结构的特征是abc夹角很小,我换了另外一个结构,用高精度计算,内存占到80%都没有问题。
null
7楼2013-12-12 08:36:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gunther 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +4 脱颖而出 2026-03-16 12/600 2026-03-19 16:17 by 脱颖而出
[考研] 一志愿北京化工大学0703化学318分,有科研经历,求调剂 +3 一瓶苯甲酸 2026-03-14 3/150 2026-03-19 15:17 by 尽舜尧1
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +5 枫桥ZL 2026-03-18 7/350 2026-03-19 14:52 by 功夫疯狂
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 一志愿985,本科211,0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 材料专硕英一数二306 +5 z1z2z3879 2026-03-18 5/250 2026-03-19 07:43 by BruceLiu320
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +3 xbxudjdn 2026-03-18 3/150 2026-03-18 22:14 by zhq0425
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 0703化学求调剂 总分331 +3 ZY-05 2026-03-13 3/150 2026-03-18 10:58 by macy2011
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 11408 一志愿西电,277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化,一志愿:哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 复试调剂 +3 呼呼?~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
信息提示
请填处理意见