24小时热门版块排行榜    

查看: 1927  |  回复: 6

gunther

金虫 (初入文坛)

[求助] ubuntu运行vasp5.3.3出错

大家好,我的系统是64位ubuntu,cpu是i5-3470(四核四线程),内存8G,安装的是并行的vasp5.3.3,低精度可以正常计算,但是高精度时vasp运行十秒左右的时候就被ubuntu杀了,这时候内存总占用是30%多一点。我的INCAR如下:
PREC = Accurate
ENCUT = 900
KGAMA = T
KSPACING = 0.5
EDIFF = 1e-5
IBRION = 2
ISIF = 3
NSW = 80
ISMEAR = 0 ; SIGMA = 0.05
POTIM = 0.05
LWAVE = FALSE
LCHARG = FALSE
PSTRESS = 500
EDIFFG = 1e-4
NPAR = 2
NCOR = 2
输出文件里这样提示错误:
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 3 in job 17  ubuntu_46776   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: killed by signal 9
rank 1 in job 17  ubuntu_46776   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 9
师兄说这可能是内存溢出导致的,他让我执行如下命令:
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -t unlimited
ulimit -v unlimited
ulimit -s unlimited
但是还是不好使,哪位大神帮忙指教一下哈?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

null
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-12-13 10:16:59
你算的什么体系啊,多少原子,ENCUT = 900不用这么夸张吧!
ENCUT减一半试试吧
2楼2013-12-10 10:59:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gunther

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-12-10 10:59:55
你算的什么体系啊,多少原子,ENCUT = 900不用这么夸张吧!
ENCUT减一半试试吧

赝势里面enmax=500,但是我想让能量收敛,所以选900,我用700算没有问题,但是用900就出错,而且内存总共才用了30%左右,我换了另外一个结构就可以算了,我那个算不了的结构的特征是abc夹角很小。
null
3楼2013-12-10 16:21:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuanghua304

禁虫 (职业作家)


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 系诶些交流 2013-12-13 10:17:10
本帖内容被屏蔽

4楼2013-12-10 18:52:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gunther

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chuanghua304 at 2013-12-10 18:52:25
估计是内存溢出了。加大截断能后需要的内存增加不少呢。700能算,900不能算肯定是内存的问题。你只要不算应力 声子等性质没必要去这么大的截断能,即使算力和声子700左右就够了。

但是我看那个任务的内存占用量,总共还不到30%,不像是内存溢出,这个截断能是我测出来的,认为能量收敛到1meV/atom为合理。
null
5楼2013-12-10 19:04:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuanghua304

禁虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2013-12-13 10:17:20
gunther: 金币+8, ★★★很有帮助, 谢谢热心回复 2013-12-14 18:29:25
本帖内容被屏蔽

6楼2013-12-11 09:14:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gunther

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by chuanghua304 at 2013-12-11 09:14:38
你看到占用内存跟实际上学要的内存不一定相符。另外“NPAR = 2 NCOR = 2”这两个参数有默认的可以省点内存,但是估计也是杯水车薪。如果你确实测试出来需要这么大的截断能,建议你换更软的赝势。

可能是那个结构有问题,结构的特征是abc夹角很小,我换了另外一个结构,用高精度计算,内存占到80%都没有问题。
null
7楼2013-12-12 08:36:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gunther 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +5 yuleib84 2026-08-18 6/300 2026-08-18 14:34 by 阿荣喝酒
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 KZyU1THERRVo 2026-08-18 4/200 2026-08-18 13:28 by vHWVV9D5Deb5
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 8/400 2026-08-18 11:47 by gltch
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 5/250 2026-08-18 11:25 by 無關想念
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +5 基诺咪客 2026-08-17 6/300 2026-08-18 11:06 by hunter无悔
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
信息提示
请填处理意见