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并行版的gromacs安装
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我的gromacs是4.6.6-1版本的，单机版的ubuntu软件中心有，我直接安装了。可是并行版的gromacs要手动编译。我是按照下面的方法弄的。 下面将安装并行版的Gromacs. （1）准备工作 a.安装gcc: sudo apt-get install gcc (这一步可以省略，一般ubuntu是包含gcc的，如果你的机子没有，请按此安装） b.安装g++: sudo apt-get install g++ c. 安装gfortran: sudo apt-get install fort77。 (以上三个软件是为了安装下面的lam-mpi) d. 安装lam-mpi: 下载：wget http://www.lam-mpi.org/download/files/lam-7.1.4.tar.bz2 解压：tar xvjf lam-7.1.4.tar.bz2 安装： cd lam-7.1.4 ./configure make make install 至此，安装并行版Gromacs的准备工作已完成。返回gromacs的解压目录： cd ../gromacs-xxx (2) 安装并行版Gromacs make clean ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi make mdrun （因为只有mdrun需要并行，所以，之需要make mdrun) sudo make install-mdrun. 安装并行版Gromacs的准备工作已完成。开始第（2）步之前，它说“要返回gromacs解压目录”，我不知道gromacs解压在哪里，因为单机版的gromacs是系统自己就有的。求大神指点，我刚接触，所以一窍不通。。。 |
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