| 查看: 1304 | 回复: 7 | |||
[交流]
［NAMD］利用NAMD模拟拉伸石墨烯 已有4人参与
|
按照教程简单熟悉了NAMD的使用流程，现在想要模拟水平拉伸石墨烯，遇到的问题是共价键无法断裂，如图所示，分别是拉伸开始与结束时的图像。可见石墨烯模型几乎被拉平了，但是共价键还是没有断裂，这似乎不符合实际情况，想要问一下这是什么原因造成的，从什么地方可以设定共价键断裂的条件。本人是初学者，希望各位师兄师姐能够不吝赐教。  发自小木虫Android客户端 |
回复此楼» 猜你喜欢
请教限项目规定
已经有5人回复
-
拟解决的关键科学问题还要不要写
已经有8人回复
-
最失望的一年
已经有16人回复
-
存款400万可以在学校里躺平吗
已经有33人回复
-
求助一下有机合成大神
已经有3人回复
-
求推荐英文EI期刊
已经有5人回复
-
26申博
已经有3人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有10人回复
-
基金申报
已经有6人回复
-
疑惑？
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2017-08-25 15:06:39
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
力场造成的呀，分子力场拉断，lammps有个距离判断断bond，你也可以这样操作，bond大于某一距离，就断掉，不知道namd有这功能么 发自小木虫Android客户端 |
3楼2017-08-25 15:07:01
4楼2017-08-25 15:18:00
|
我觉得有的，因为我以前看过一篇用NAMD模拟石墨烯拉伸的文章，他那个拉伸到一定程度就出现裂纹了，而我这个像橡皮筋一样，拉伸到60000步都没有断裂的迹象。我在conf文件里设定了cutoff 距离为1.5，但是貌似并没有起到作用。 发自小木虫Android客户端 |
5楼2017-08-25 16:21:03
6楼2017-08-25 16:23:39
7楼2017-10-31 22:08:51
gezhenpeng
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 740.3
- 红花: 2
- 帖子: 115
- 在线: 155.7小时
- 虫号: 968946
- 注册: 2010-03-12
- 专业: 理论和计算化学
8楼2018-02-23 18:25:03