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［NAMD］利用NAMD模拟拉伸石墨烯 已有4人参与
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按照教程简单熟悉了NAMD的使用流程，现在想要模拟水平拉伸石墨烯，遇到的问题是共价键无法断裂，如图所示，分别是拉伸开始与结束时的图像。可见石墨烯模型几乎被拉平了，但是共价键还是没有断裂，这似乎不符合实际情况，想要问一下这是什么原因造成的，从什么地方可以设定共价键断裂的条件。本人是初学者，希望各位师兄师姐能够不吝赐教。  发自小木虫Android客户端 |
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力场造成的呀，分子力场拉断，lammps有个距离判断断bond，你也可以这样操作，bond大于某一距离，就断掉，不知道namd有这功能么 发自小木虫Android客户端 |
3楼2017-08-25 15:07:01
4楼2017-08-25 15:18:00
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我觉得有的，因为我以前看过一篇用NAMD模拟石墨烯拉伸的文章，他那个拉伸到一定程度就出现裂纹了，而我这个像橡皮筋一样，拉伸到60000步都没有断裂的迹象。我在conf文件里设定了cutoff 距离为1.5，但是貌似并没有起到作用。 发自小木虫Android客户端 |
5楼2017-08-25 16:21:03
