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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » ［NAMD］利用NAMD模拟拉伸石墨烯
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乘风来去客

新虫 (初入文坛)

[交流] ［NAMD］利用NAMD模拟拉伸石墨烯 已有4人参与

按照教程简单熟悉了NAMD的使用流程，现在想要模拟水平拉伸石墨烯，遇到的问题是共价键无法断裂，如图所示，分别是拉伸开始与结束时的图像。可见石墨烯模型几乎被拉平了，但是共价键还是没有断裂，这似乎不符合实际情况，想要问一下这是什么原因造成的，从什么地方可以设定共价键断裂的条件。本人是初学者，希望各位师兄师姐能够不吝赐教。

［NAMD］利用NAMD模拟拉伸石墨烯


［NAMD］利用NAMD模拟拉伸石墨烯-1


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1楼 2017-08-25 14:24:51
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小仆人

新虫 (初入文坛)
大力出奇迹 ？
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Jesus shall take the highest honor
2楼2017-08-25 15:06:39
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iSimuLy

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力场造成的呀，分子力场拉断，lammps有个距离判断断bond，你也可以这样操作，bond大于某一距离，就断掉，不知道namd有这功能么

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3楼2017-08-25 15:07:01
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iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问
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［NAMD］利用NAMD模拟拉伸石墨烯-2

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4楼2017-08-25 15:18:00
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乘风来去客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-08-25 15:07:01
力场造成的呀，分子力场拉断，lammps有个距离判断断bond，你也可以这样操作，bond大于某一距离，就断掉，不知道namd有这功能么

我觉得有的，因为我以前看过一篇用NAMD模拟石墨烯拉伸的文章，他那个拉伸到一定程度就出现裂纹了，而我这个像橡皮筋一样，拉伸到60000步都没有断裂的迹象。我在conf文件里设定了cutoff 距离为1.5，但是貌似并没有起到作用。

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5楼2017-08-25 16:21:03
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乘风来去客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-08-25 15:18:00

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6楼2017-08-25 16:23:39
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adtxcg38

新虫 (初入文坛)
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截断半径不是这个意思的吧
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7楼2017-10-31 22:08:51
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gezhenpeng

铜虫 (小有名气)
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大力出奇迹，再努力使劲拉一下
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8楼2018-02-23 18:25:03
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