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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » sander.MPI并行运算速度慢
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宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)

[求助] sander.MPI并行运算速度慢

请问各位老师，使用AmberTools14软件跑动力学，蛋白有473个残基，加上水盒后有91654个原子，sander.MPI加速，32个核并行，感觉跑的特别慢，一天只能跑约1.5ns，请问这样的速度正常么？如果不正常，是我安装还是什么地方出了问题？
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1楼 2017-11-18 16:04:37
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hclwonder

新虫 (正式写手)
有点慢，似乎还算正常吧

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2楼2017-11-19 12:15:25
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hclwonder

新虫 (正式写手)
sander就是比较慢，Amber的pmemd用gpu就比较快了

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3楼2017-11-19 12:18:05
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ding11038


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4楼2017-11-19 12:18:36
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lpxmclt

新虫 (小有名气)
水盒子加小点，473个残基水加出来30000个原子就差不多了

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5楼2017-11-19 15:38:51
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宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)
感谢各位的回复~
大概明白了，sander模块运行就是比较慢，我们一段时间内不会购买AMBER软件，我试着减小下水盒，或者换用其它软件。
祝大家科研顺利！
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6楼2017-11-20 09:53:26
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