24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1933  |  回复: 5

宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)

[求助] sander.MPI并行运算速度慢

请问各位老师,使用AmberTools14软件跑动力学,蛋白有473个残基,加上水盒后有91654个原子,sander.MPI加速,32个核并行,感觉跑的特别慢,一天只能跑约1.5ns,请问这样的速度正常么?如果不正常,是我安装还是什么地方出了问题?
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

有点慢,似乎还算正常吧

发自小木虫Android客户端
2楼2017-11-19 12:15:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

sander就是比较慢,Amber的pmemd用gpu就比较快了

发自小木虫Android客户端
3楼2017-11-19 12:18:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
4楼2017-11-19 12:18:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lpxmclt

新虫 (小有名气)

水盒子加小点,473个残基水加出来30000个原子就差不多了

发自小木虫Android客户端
5楼2017-11-19 15:38:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)

感谢各位的回复~
大概明白了,sander模块运行就是比较慢,我们一段时间内不会购买AMBER软件,我试着减小下水盒,或者换用其它软件。
祝大家科研顺利!
6楼2017-11-20 09:53:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 宸雨沐沐 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 336求调剂,一志愿中科大 +6 墨彧 yuyu 2026-04-06 6/300 2026-04-06 23:19 by zzchen2000
[硕博家园] 0856材料化工求调剂,一志愿211,初试成绩349 +4 江淮北月 2026-04-05 4/200 2026-04-06 22:44 by chenzhimin
[考研] 273求调剂 +20 麦小叮当 2026-04-06 23/1150 2026-04-06 22:22 by 蓝云思雨
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-05 5/250 2026-04-06 15:40 by lin-da
[考研] 372分,材料与化工,一志愿湖南大学,求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-01 3/150 2026-04-06 09:04 by 无际的草原
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +8 vants 2026-04-05 8/400 2026-04-06 06:17 by houyaoxu
[考研] 316求调剂 +5 yyx想调剂 2026-04-05 5/250 2026-04-05 22:22 by 咔咔咔咔9
[考研] 材料调剂 +6 一样YWY 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:30 by 南航~万老师
[考研] 电子信息调剂交叉学科有推荐吗 +6 jhtfeybgj 2026-04-01 9/450 2026-04-05 11:13 by 猪会飞
[考研] 考研调剂 +3 mcbbc 2026-04-04 3/150 2026-04-05 10:03 by barlinike
[考研] 材料调剂 +10 懒羊羊轻置玉臀 2026-04-02 11/550 2026-04-04 21:56 by laoshidan
[考研] 一志愿0817化学工程与技术,求调剂 +24 我不是只因 2026-04-02 28/1400 2026-04-04 15:15 by dongzh2009
[考研] 265求调剂 +20 梁梁校校 2026-04-01 21/1050 2026-04-04 00:38 by userper
[考研] 求调剂推荐 +3 南山南@ 2026-04-01 3/150 2026-04-02 12:09 by xiaoranmu
[考研] 0805求调剂 +8 是水分 2026-03-31 8/400 2026-04-02 10:46 by guanxin1001
[考研] 322求调剂 +5 熹僖XX 2026-03-31 6/300 2026-04-02 10:08 by 求调剂zz
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 00:21 by 百秒光年
[考研] 307分求调剂 +14 (o~o) 2026-03-31 15/750 2026-04-01 20:43 by longlotian
[考研] 江苏苏北高校诚邀调剂同学 +3 zzll406 2026-03-31 3/150 2026-03-31 16:54 by 及时行乐fan
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-31 4/200 2026-03-31 10:04 by cal0306
信息提示
请填处理意见