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宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)

[求助] sander.MPI并行运算速度慢

请问各位老师,使用AmberTools14软件跑动力学,蛋白有473个残基,加上水盒后有91654个原子,sander.MPI加速,32个核并行,感觉跑的特别慢,一天只能跑约1.5ns,请问这样的速度正常么?如果不正常,是我安装还是什么地方出了问题?
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hclwonder

新虫 (正式写手)

2楼2017-11-19 12:15:25
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hclwonder

新虫 (正式写手)

sander就是比较慢,Amber的pmemd用gpu就比较快了

发自小木虫Android客户端
3楼2017-11-19 12:18:05
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4楼2017-11-19 12:18:36
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lpxmclt

新虫 (小有名气)

水盒子加小点,473个残基水加出来30000个原子就差不多了

发自小木虫Android客户端
5楼2017-11-19 15:38:51
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宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)

感谢各位的回复~
大概明白了,sander模块运行就是比较慢,我们一段时间内不会购买AMBER软件,我试着减小下水盒,或者换用其它软件。
祝大家科研顺利!
6楼2017-11-20 09:53:26
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