版块导航: 正在加载中...

客户端APP下载

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 191.5
帖子: 31
在线: 29.1小时
虫号: 3751537
注册: 2015-03-19
专业: 药物设计与药物信息

[求助] sander.MPI并行运算速度慢

请问各位老师，使用AmberTools14软件跑动力学，蛋白有473个残基，加上水盒后有91654个原子，sander.MPI加速，32个核并行，感觉跑的特别慢，一天只能跑约1.5ns，请问这样的速度正常么？如果不正常，是我安装还是什么地方出了问题？

» 猜你喜欢

寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件已经有7人回复
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗已经有8人回复
申请2026年博士已经有6人回复
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。已经有5人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有5人回复
2025冷门绝学什么时候出结果已经有7人回复
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗已经有6人回复
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了已经有7人回复
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢已经有5人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复

1楼2017-11-18 16:04:37

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

宸雨沐沐

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 191.5
帖子: 31
在线: 29.1小时
虫号: 3751537
注册: 2015-03-19
专业: 药物设计与药物信息

感谢各位的回复~
大概明白了，sander模块运行就是比较慢，我们一段时间内不会购买AMBER软件，我试着减小下水盒，或者换用其它软件。
祝大家科研顺利！

6楼2017-11-20 09:53:26

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 6 个回答

hclwonder

新虫 (正式写手)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 2564.1
红花: 28
帖子: 371
在线: 68.2小时
虫号: 2837657
注册: 2013-11-30
性别: GG
专业: 药物设计与药物信息

有点慢，似乎还算正常吧

发自小木虫Android客户端

2楼2017-11-19 12:15:25

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 2564.1
红花: 28
帖子: 371
在线: 68.2小时
虫号: 2837657
注册: 2013-11-30
性别: GG
专业: 药物设计与药物信息

sander就是比较慢，Amber的pmemd用gpu就比较快了

发自小木虫Android客户端

3楼2017-11-19 12:18:05

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ding11038

发自小木虫IOS客户端

4楼2017-11-19 12:18:36

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 6 个回答