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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教大神，如何计算一个蛋白的RMSF
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无敌炉石

铜虫 (小有名气)

[求助] 请教大神，如何计算一个蛋白的RMSF 已有2人参与

现在用NAMD跑模拟，需要计算整个蛋白的RMSD和RMSF,现在用的是VMD软件来做；
RMSD会弄，是用的VMD中的RMSD visualizer，载入PSF和dcd文件后，可以点ALIGN,再点RMSD，再点plot result做出图来；
由于也要做RMSF，看到visualizer也有RMSF选项，就是不知道怎么用啊，求大神帮忙，最好有具体操作步骤啊，对于VMD处理来说还是萌新！！
    求大神帮忙！！！

请教大神，如何计算一个蛋白的RMSF
1.png
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1楼 2016-03-07 10:54:52
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无敌炉石

铜虫 (小有名气)
一个会的都没有吗
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2楼2016-03-10 11:57:33
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yylcx

金虫 (正式写手)
请问楼主这个问题解决了么。。。。
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3楼2016-04-09 11:14:20
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我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

namd没有直接计算rmsf的插件，要吗写个脚本，要么去下个别人已经写好的现成的插件也挺好用
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4楼2016-04-27 11:03:09
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飞天ssp

新虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

你好，我想问一下如何计算RMSD值？非常感谢
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hh
5楼2018-04-05 21:52:24
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