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无敌炉石

铜虫 (小有名气)

[求助] 请教大神,如何计算一个蛋白的RMSF 已有2人参与

现在用NAMD跑模拟,需要计算整个蛋白的RMSD和RMSF,现在用的是VMD软件来做;
RMSD会弄,是用的VMD中的RMSD visualizer,载入PSF和dcd文件后,可以点ALIGN,再点RMSD,再点plot result做出图来;
由于也要做RMSF,看到visualizer也有RMSF选项,就是不知道怎么用啊,求大神帮忙,最好有具体操作步骤啊,对于VMD处理来说还是萌新!!
    求大神帮忙!!!

请教大神,如何计算一个蛋白的RMSF
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无敌炉石

铜虫 (小有名气)

一个会的都没有吗
2楼2016-03-10 11:57:33
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yylcx

金虫 (正式写手)

请问楼主这个问题解决了么。。。。
3楼2016-04-09 11:14:20
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我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

namd没有直接计算rmsf的插件,要吗写个脚本,要么去下个别人已经写好的现成的插件也挺好用
4楼2016-04-27 11:03:09
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飞天ssp

新虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

你好,我想问一下如何计算RMSD值?非常感谢
hh
5楼2018-04-05 21:52:24
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