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wx3266626

银虫 (小有名气)

[求助] 求Packmol安装指导 已有1人参与

在用amber教程中（A15），有一个Packmol版块的使用，自己不了解怎么安装，初学者还望多多指教！教程上面只提供了一个网站：http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
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1楼 2015-01-30 14:38:14
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wx3266626(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-31 09:24:27
wx3266626: 金币+49, ★★★★★最佳答案 2015-01-31 18:14:02
packmol的安装很简单的。先解压压缩文件，然后make 一下就可以了！这个可以参考packmol的官网，手册上面有很详细的介绍！你可以看看！
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
2楼2015-01-30 20:37:58
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wangyulinup

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-01-30 20:37:58
packmol的安装很简单的。先解压压缩文件，然后make 一下就可以了！这个可以参考packmol的官网，手册上面有很详细的介绍！你可以看看！

packmol手册，可否分享一份，万分感激！！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2015-01-31 12:45:49
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个是packmol的官网，你自己下一下吧http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
4楼2015-01-31 13:19:06
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wx3266626

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-01-30 20:37:58
packmol的安装很简单的。先解压压缩文件，然后make 一下就可以了！这个可以参考packmol的官网，手册上面有很详细的介绍！你可以看看！

请问这样算安装成功了吗？
------------------------------------------------------
Compiling packmol with /usr/bin/gfortran
Flags: -O3 -ffast-math  
------------------------------------------------------
Packmol succesfully built.
------------------------------------------------------
为什么输入命令 packmol < input.inp后还会出现：
If 'packmol' is not a typo you can run the following command to lookup the package that contains the binary:
    command-not-found packmol
-bash: packmol: command not found
谢谢解答~
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5楼2015-01-31 15:14:40
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by wx3266626 at 2015-01-31 15:14:40
请问这样算安装成功了吗？
------------------------------------------------------
Compiling packmol with /usr/bin/gfortran
Flags: -O3 -ffast-math  
------------------------------------------ ...

前面需要加上./，你在试试

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2015-01-31 16:18:10
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wx3266626

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-01-31 16:18:10
前面需要加上./，你在试试
...

我试了不行呀，请问您说的是在哪个地方加上./？
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7楼2015-01-31 16:26:27
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

./packmol < input.inp 是这样的，是在不行，在看看手册
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8楼2015-01-31 16:34:52
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wx3266626

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-01-31 16:34:52
./packmol < input.inp 是这样的，是在不行，在看看手册

提示信息如下：
##############################################################

PACKMOL - Packing optimization for the automated
generation of starting configurations for
molecular dynamics.

                                          Version 14.225

##############################################################


  Packmol must be run with: packmol < inputfile.inp

  Userguide at: www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol

  Reading input file... (Control-C aborts)
  Seed for random number generator:     19128787
  Output file: ionic2.pdb
  Reading coordinate file: BF4.gjf.g03.log
At line 258 of file io.f (unit = 10, file = 'BF4.gjf.g03.log')
Fortran runtime error: End of file
请问这是哪里出错了，谢谢您了~
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9楼2015-01-31 17:12:17
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你还是先看看手册吧！有些错误还是需要在手册上看看！我从没遇到这个错误，一般按照手册走就可以了！你需要检查一个你的inp 文件，输入文件格式是否正确！
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10楼2015-01-31 17:15:02
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