24小时热门版块排行榜    

查看: 2942  |  回复: 14
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wx3266626

银虫 (小有名气)

[求助] 求Packmol安装指导 已有1人参与

在用amber教程中(A15),有一个Packmol版块的使用,自己不了解怎么安装,初学者还望多多指教!教程上面只提供了一个网站:http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wx3266626

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-01-31 16:34:52
./packmol < input.inp 是这样的,是在不行,在看看手册

提示信息如下:
##############################################################

PACKMOL - Packing optimization for the automated
generation of starting configurations for
molecular dynamics.

                                          Version 14.225

##############################################################


  Packmol must be run with: packmol < inputfile.inp

  Userguide at: www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol

  Reading input file... (Control-C aborts)
  Seed for random number generator:     19128787
  Output file: ionic2.pdb
  Reading coordinate file: BF4.gjf.g03.log
At line 258 of file io.f (unit = 10, file = 'BF4.gjf.g03.log')
Fortran runtime error: End of file
请问这是哪里出错了,谢谢您了~
9楼2015-01-31 17:12:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wx3266626(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-31 09:24:27
wx3266626: 金币+49, ★★★★★最佳答案 2015-01-31 18:14:02
packmol的安装很简单的。先解压压缩文件,然后make 一下就可以了!这个可以参考packmol的官网,手册上面有很详细的介绍!你可以看看!
只做不说,明知没地位,坚信有机会
2楼2015-01-30 20:37:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyulinup

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-01-30 20:37:58
packmol的安装很简单的。先解压压缩文件,然后make 一下就可以了!这个可以参考packmol的官网,手册上面有很详细的介绍!你可以看看!

packmol手册,可否分享一份,万分感激!!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2015-01-31 12:45:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个是packmol的官网,你自己下一下吧http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
只做不说,明知没地位,坚信有机会
4楼2015-01-31 13:19:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 8/400 2026-11-15 02:26 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 10/500 2026-11-15 00:39 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-15 00:24 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 8/400 2026-11-14 22:51 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 15:58 by KXypaGgBBlw7
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-14 13:02 by KXypaGgBBlw7
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-13 11:37 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-13 11:08 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:11 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 11/550 2026-11-12 09:57 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:36 by 9fOTqj074tIg
[考博] 申请环境,微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
信息提示
请填处理意见