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wx3266626

银虫 (小有名气)

[求助] 求Packmol安装指导 已有1人参与

在用amber教程中(A15),有一个Packmol版块的使用,自己不了解怎么安装,初学者还望多多指教!教程上面只提供了一个网站:http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
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wx3266626

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-01-31 16:34:52
./packmol < input.inp 是这样的,是在不行,在看看手册

提示信息如下:
##############################################################

PACKMOL - Packing optimization for the automated
generation of starting configurations for
molecular dynamics.

                                          Version 14.225

##############################################################


  Packmol must be run with: packmol < inputfile.inp

  Userguide at: www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol

  Reading input file... (Control-C aborts)
  Seed for random number generator:     19128787
  Output file: ionic2.pdb
  Reading coordinate file: BF4.gjf.g03.log
At line 258 of file io.f (unit = 10, file = 'BF4.gjf.g03.log')
Fortran runtime error: End of file
请问这是哪里出错了,谢谢您了~
9楼2015-01-31 17:12:17
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查看全部 15 个回答

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wx3266626(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-31 09:24:27
wx3266626: 金币+49, ★★★★★最佳答案 2015-01-31 18:14:02
packmol的安装很简单的。先解压压缩文件,然后make 一下就可以了!这个可以参考packmol的官网,手册上面有很详细的介绍!你可以看看!
只做不说,明知没地位,坚信有机会
2楼2015-01-30 20:37:58
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wangyulinup

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 声梦奇缘001 at 2015-01-30 20:37:58
packmol的安装很简单的。先解压压缩文件,然后make 一下就可以了!这个可以参考packmol的官网,手册上面有很详细的介绍!你可以看看!

packmol手册,可否分享一份,万分感激!!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2015-01-31 12:45:49
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个是packmol的官网,你自己下一下吧http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
只做不说,明知没地位,坚信有机会
4楼2015-01-31 13:19:06
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