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jianchuanliu金虫 (初入文坛)
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关于gromacs计算空间分布函数sdf的问题 已有1人参与
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最近计算sdf，刚刚接触。按照教程，先建立索引文件。然后用 1. trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -o noPBC.xtc -pbc mol -ur compact -center 2. trjconv -s topol.tpr -f noPBC.xtc -o fit.xtc -fit rot+trans 处理文件。 出现几个问题，像大神求助。 （我的体系是乙醇中加入NA离子，想计算乙醇周围的NA离子分布） 问题1. 在做 make_ndx 命令时，如何选择组（即如何选择出众多乙醇中的一个） 见图片1 问题2. 在做上述两步trjconv时候，如何选择组呢。见 图片2  1.png  2.png |
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