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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于gromacs计算空间分布函数sdf的问题
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jianchuanliu

金虫 (初入文坛)

[求助] 关于gromacs计算空间分布函数sdf的问题 已有1人参与

最近计算sdf，刚刚接触。按照教程，先建立索引文件。然后用
1.
trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -o noPBC.xtc -pbc mol -ur compact -center

2.
trjconv -s topol.tpr -f noPBC.xtc -o fit.xtc -fit rot+trans

处理文件。
出现几个问题，像大神求助。
（我的体系是乙醇中加入NA离子，想计算乙醇周围的NA离子分布）
问题1. 在做 make_ndx 命令时，如何选择组（即如何选择出众多乙醇中的一个） 见图片1
问题2. 在做上述两步trjconv时候，如何选择组呢。见 图片2

关于gromacs计算空间分布函数sdf的问题
1.png


关于gromacs计算空间分布函数sdf的问题-1
2.png
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1楼 2015-07-05 21:20:15
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992648352

银虫 (小有名气)
定起
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2楼2016-05-15 22:11:11
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992648352

银虫 (小有名气)
请问你解决这个问题了吗？我也想知道如何选择中心分子。
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3楼2016-05-15 22:11:57
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jianchuanliu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 992648352 at 2016-05-15 22:11:57
请问你解决这个问题了吗？我也想知道如何选择中心分子。

没有呢

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4楼2016-05-16 00:13:11
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scholarallen

金虫 (初入文坛)
index 文件可以用文本编辑器（vi  emacs....）打开自己书写的。

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5楼2016-05-21 01:03:52
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jianchuanliu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 992648352 at 2016-05-15 22:11:57
请问你解决这个问题了吗？我也想知道如何选择中心分子。

没有，请问你现在解决了吗？
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6楼2016-07-22 12:59:11
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墨佳筱禾

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jianchuanliu at 2016-07-22 12:59:11
没有，请问你现在解决了吗？...

那楼主，你现在解决这个问题没有？我也是在选择中心分子组的问题上卡了好久
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7楼2016-10-12 17:26:41
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jianchuanliu

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 墨佳筱禾 at 2016-10-12 17:26:41
那楼主，你现在解决这个问题没有？我也是在选择中心分子组的问题上卡了好久...

没有啊，，，

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8楼2016-10-13 11:41:03
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墨佳筱禾

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jianchuanliu at 2016-10-13 11:41:03
没有啊，，，
...

我试着把所有要研究的分子做为一个中心分子组来计算，不知道是不是我的体系太大了，总是在移除转动和平动的一步上出问题，你也可以试试把所有乙醇分子做为一个中心分子组，钠离子做为系统组，反正最后叠合出的结果和单个中心分子的结果差不多
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9楼2016-10-13 17:36:01
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林70。

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-974692.html
可以看一下这个帖子
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10楼2019-02-28 17:27:55
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