| 查看: 2584 | 回复: 9 | |||
jianchuanliu金虫 (初入文坛)
|
[求助]
关于gromacs计算空间分布函数sdf的问题 已有1人参与
|
|
最近计算sdf，刚刚接触。按照教程，先建立索引文件。然后用 1. trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -o noPBC.xtc -pbc mol -ur compact -center 2. trjconv -s topol.tpr -f noPBC.xtc -o fit.xtc -fit rot+trans 处理文件。 出现几个问题，像大神求助。 （我的体系是乙醇中加入NA离子，想计算乙醇周围的NA离子分布） 问题1. 在做 make_ndx 命令时，如何选择组（即如何选择出众多乙醇中的一个） 见图片1 问题2. 在做上述两步trjconv时候，如何选择组呢。见 图片2  1.png  2.png |
回复此楼» 猜你喜欢
自荐读博
已经有7人回复
-
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有6人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
-
青基代表作，AAAI之类的A会的special track在国内认可度高吗？还是归为workshop之流？
已经有3人回复
-
上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士
已经有6人回复
-
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
2楼2016-05-15 22:11:11
3楼2016-05-15 22:11:57
jianchuanliu
金虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在线: 48.6小时
- 虫号: 2924195
- 注册: 2014-01-10
- 专业: 化学动力学
4楼2016-05-16 00:13:11
scholarallen
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 755
- 散金: 50
- 帖子: 48
- 在线: 31.8小时
- 虫号: 4059206
- 注册: 2015-09-08
- 专业: 理论和计算化学
5楼2016-05-21 01:03:52
jianchuanliu
金虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在线: 48.6小时
- 虫号: 2924195
- 注册: 2014-01-10
- 专业: 化学动力学
6楼2016-07-22 12:59:11
7楼2016-10-12 17:26:41
jianchuanliu
金虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在线: 48.6小时
- 虫号: 2924195
- 注册: 2014-01-10
- 专业: 化学动力学
8楼2016-10-13 11:41:03
9楼2016-10-13 17:36:01
10楼2019-02-28 17:27:55