| 查看: 1682 | 回复: 36 | |||
[交流]
Gromacs为什么小体系能跑通，放大体系之后就跑死了？
|
|||
|
我的模型很简单。只有非键作用，小体系跑时，可以跑通，放大体系（密度不变），就会跑死，这是什么原因？ 有时候，同样的体系，褪火速率减慢也会跑死，这是为什么？ 麻烦大家帮帮忙，这老死的，真是要崩溃了... |
回复此楼» 猜你喜欢
285求调剂
已经有5人回复
-
生物学求调剂
已经有4人回复
-
0854求调剂
已经有3人回复
-
319分085702安全工程求调剂
已经有4人回复
-
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）
已经有6人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有14人回复
-
0703化学调剂325分
已经有12人回复
-
求助071001调剂！！！
已经有5人回复
-
工科370求调剂
已经有3人回复
-
材料专硕322
已经有10人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
天津理工大学晶体镀膜实验室2026年硕士研究生调剂招生
+3/1392
-
欢迎调剂佛山大学资源与环境专业硕士
+2/142
-
华北理工大学 矿业工程 研究生调剂
+3/127
-
中科院新疆理化所诚聘能源电化学方向博士后、博士和科研助理启事
+1/86
-
坐标北京，诚征女友
+1/85
-
高分子材料 调剂——材料-化学方向优先
+1/69
-
武汉纺织大学学硕调剂
+2/50
-
江西理工大学稀土学院招材料类硕士研究生，稀土光功能材料方向，非诚勿扰
+1/37
-
南京地区，有要戴森洗地机吗？仅限自取
+1/35
-
中国石油大学（北京）理学院2026年硕士研究生接收调剂生：物理、化学、材料等
+1/12
-
天津科技大学经管学院姚伟教授团队：知识生态研究中心接受管理科学与工程2026调剂生
+1/9
-
重庆工商大学 招收环境/材料类方向调剂研究生
+1/9
-
★上海★上海工程技术大学·环境与资源创新中心（ICER）接收化工材料环境等学科调剂生
+1/9
-
[杭州电子科技大学]材料学院电池课题组-2026年硕士研究生调剂信息
+1/8
-
长江师范学院化学工程方向接收大量硕士研究生调剂考生
+1/8
-
河南理工大学化学化工学院招收材料、化工类专业调剂研究生
+1/8
-
东北石油大学招生调剂硕士生若干
+1/6
-
复试调剂
+1/4
-
差旅首选:第一次出差珠海开住宿餐饮发票实体店电子专用,保姆级教程请收好
+1/1
-
生物基（菌物）材料课题组——调剂招生2026
+1/1
★ ★ ★
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 回帖置顶 2012-11-08 08:10:50
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 12:06:51
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 回帖置顶 2012-11-08 08:10:50
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 12:06:51
|
几点建议： 1、系统变大，大到什么程度？是不是你的计算机内存不够了？ 2、是不是你建大体系的时候，模型有问题？下次交流问题的时候，最好把log文件里的错误提示一起贴出来，方便大家帮你找到原因。 3、求助帖子，建议不要设置成回帖就给金币，这样你看看你得到回复的效率并不高，可是设置成手动给与金币。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
30楼2012-11-07 20:27:39
14楼2012-11-07 18:39:08
33楼2012-11-08 13:57:04
送鲜花一朵 |
1.我是在实验室的集群上跑的，内存肯定够 2.放大体系的时候，模型没有改变，只是同样倍数的增大了粒子数和空间 体积（密度不变） 3.log里的错误是 Program mdrun_mpi_v4, VERSION 4.0.7 Source code file: nsgrid.c, line: 357 Range checking error: Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter errors that give particles very high velocities you might end up with some coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot put these on a grid, so this is usually where we detect those errors. Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential energy seems reasonable before trying again. Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 125 ] 大致意思就是，速度太快，能量太大吧，但是我小体系的时候，就没有问题啊 这是怎么回事 |
34楼2012-11-08 16:18:11
35楼2012-11-08 16:29:52
37楼2018-08-14 12:18:19
简单回复
gkf1232楼
2012-11-07 17:18
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
偶尔呆3楼
2012-11-07 17:24
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
张咖喱4楼
2012-11-07 17:29
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
乾坤智林5楼
2012-11-07 17:35
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
:-O [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2012-11-07 17:40
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
cl667楼
2012-11-07 18:04
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
xjy07918楼
2012-11-07 18:05
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
ThxVV9楼
2012-11-07 18:07
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
化学多面体10楼
2012-11-07 18:14
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
骑扫把满天飞11楼
2012-11-07 18:18
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
车有造12楼
2012-11-07 18:35
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
xfyz10213楼
2012-11-07 18:38
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
假大空15楼
2012-11-07 18:48
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
ywqxxy16楼
2012-11-07 19:05
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
neu23417楼
2012-11-07 19:12
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
helen20120818楼
2012-11-07 19:12
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
goingabroad19楼
2012-11-07 19:24
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
gujing13620楼
2012-11-07 19:27
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
liang888721楼
2012-11-07 19:28
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
张加磊22楼
2012-11-07 19:42
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
chenruia23楼
2012-11-07 19:43
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
祝福，祝福
一品永远24楼
2012-11-07 19:51
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
chenzhana25楼
2012-11-07 19:51
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
祝福，祝福
yaoyao14526楼
2012-11-07 19:59
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
钕铁硼27楼
2012-11-07 20:01
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
我是小乖乖28楼
2012-11-07 20:12
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
shanjiji29楼
2012-11-07 20:25
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
flyxu31楼
2012-11-07 21:11
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
D11402fc32楼
2012-11-07 21:31
回复
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
spirte雷36楼
2012-12-29 16:36
回复
