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[交流]
Gromacs为什么小体系能跑通，放大体系之后就跑死了？
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我的模型很简单。只有非键作用，小体系跑时，可以跑通，放大体系（密度不变），就会跑死，这是什么原因？ 有时候，同样的体系，褪火速率减慢也会跑死，这是为什么？ 麻烦大家帮帮忙，这老死的，真是要崩溃了... |
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yiran870804(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 回帖置顶 2012-11-08 08:10:50
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 12:06:51
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 回帖置顶 2012-11-08 08:10:50
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-08 12:06:51
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几点建议： 1、系统变大，大到什么程度？是不是你的计算机内存不够了？ 2、是不是你建大体系的时候，模型有问题？下次交流问题的时候，最好把log文件里的错误提示一起贴出来，方便大家帮你找到原因。 3、求助帖子，建议不要设置成回帖就给金币，这样你看看你得到回复的效率并不高，可是设置成手动给与金币。 |
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30楼2012-11-07 20:27:39
14楼2012-11-07 18:39:08
33楼2012-11-08 13:57:04
送鲜花一朵 |
1.我是在实验室的集群上跑的，内存肯定够 2.放大体系的时候，模型没有改变，只是同样倍数的增大了粒子数和空间 体积（密度不变） 3.log里的错误是 Program mdrun_mpi_v4, VERSION 4.0.7 Source code file: nsgrid.c, line: 357 Range checking error: Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter errors that give particles very high velocities you might end up with some coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot put these on a grid, so this is usually where we detect those errors. Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential energy seems reasonable before trying again. Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 125 ] 大致意思就是，速度太快，能量太大吧，但是我小体系的时候，就没有问题啊 这是怎么回事 |
34楼2012-11-08 16:18:11
35楼2012-11-08 16:29:52
37楼2018-08-14 12:18:19
简单回复
gkf1232楼
2012-11-07 17:18
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yiran870804(金币+1): 谢谢参与
偶尔呆3楼
2012-11-07 17:24
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张咖喱4楼
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乾坤智林5楼
2012-11-07 17:35
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:-O [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2012-11-07 17:40
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cl667楼
2012-11-07 18:04
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xjy07918楼
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ThxVV9楼
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化学多面体10楼
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